Convertir FASTA en AB1

Une application de séquençage peut nécessiter un chromatogramme .ab1 lorsqu’un fichier FASTA est disponible, ou un laboratoire peut avoir besoin de partager les données Sanger originales plutôt que sa seule séquence consensus. Ces fichiers ne sont pas équivalents : FASTA contient des lettres, tandis que AB1 peut contenir des données d’électrophérogramme mesurées.

Qu’est-ce que le format FASTA ?

FASTA est un format de séquence en texte brut. Un enregistrement comporte un en-tête commençant par >, suivi de lettres représentant des nucléotides ou des acides aminés, généralement réparties sur plusieurs lignes.

Les chercheurs, les services de séquençage, les navigateurs de génomes, les bases de données, les programmes d’alignement, les outils de conception d’amorces, les assembleurs et les utilitaires en ligne de commande utilisent FASTA pour l’échange et l’analyse de séquences. FASTA ne contient généralement pas les traces d’électrophérogramme, les intensités des canaux de fluorescence, les positions des pics, les valeurs de qualité par base, les paramètres de l’instrument ou les métadonnées de l’analyse.

Qu’est-ce que le format AB1 ?

AB1, également appelé ABI ou ABIF, est un format binaire de chromatogramme associé aux instruments de séquençage Applied Biosystems et aux logiciels compatibles de séquençage Sanger. Un fichier AB1 peut contenir les traces des quatre canaux de fluorescence, les bases appelées, les scores de qualité, les emplacements des pics, les informations sur l’échantillon et les paramètres de l’analyse ; les enregistrements exacts dépendent de l’instrument et du logiciel qui l’ont créé.

Les visionneuses et éditeurs de chromatogrammes tels que FinchTV, Chromas, 4Peaks, SnapGene et Geneious Prime peuvent ouvrir de nombreux fichiers AB1. Ils peuvent afficher la séparation des pics et les appels ambigus, permettre la modification des séquences et exporter une séquence consensus au format FASTA. Conservez le fichier AB1 original, car un fichier FASTA exporté ne conserve pas la trace mesurée.

Pourquoi la conversion directe ne fonctionne pas

Il n’existe pas de conversion FASTA vers AB1 sans perte. Une séquence FASTA ne contient pas le signal expérimental nécessaire pour reconstituer un chromatogramme authentique. Certains logiciels peuvent écrire un fichier binaire ou simuler des pics dans le cadre de flux de travail spécialisés, mais un fichier synthétique ne constitue pas une preuve issue d’une analyse de séquençage et doit être identifié comme simulé.

Comment gérer la conversion

1. Vérifiez d’abord le logiciel destinataire. Utilisez File → Open ou File → Import et sélectionnez le fichier FASTA si le texte de la séquence suffit. De nombreux programmes d’analyse acceptent directement FASTA et n’exigent pas de fichier AB1.
2. Demandez le chromatogramme source. Si le fichier FASTA provient d’un séquençage Sanger, demandez au service de séquençage les fichiers .ab1 correspondants, de préférence avec les identifiants des échantillons et la séquence consensus. Les fichiers AB1 générés par le service contiennent la trace originale et les informations d’appel des bases.
3. Examinez et modifiez le fichier AB1 authentique. Ouvrez-le dans FinchTV, Chromas, 4Peaks, SnapGene ou Geneious Prime. Vérifiez les extrémités de faible qualité, les pics mixtes, les amas de colorant et les positions ambiguës avant d’exporter une séquence consensus modifiée au format FASTA.
4. Utilisez les outils FASTA uniquement pour les opérations sur les séquences. Biopython, EMBOSS et SeqKit peuvent analyser, valider, reformater ou convertir du texte de séquence. Par exemple, seqkit seq input.fasta > output.fasta réécrit un fichier FASTA ; il ne crée pas de données de trace AB1.
5. Convenez d’un substitut si la trace source est indisponible. Envoyez le fichier FASTA ou demandez au destinataire d’accepter un chromatogramme simulé. Ne présentez pas un fichier AB1 simulé comme un résultat de séquençage mesuré.

Options en ligne et sur ordinateur

Aucun convertisseur en ligne généraliste réputé ne peut transformer une séquence FASTA seule en un chromatogramme ABI authentique, car le signal manquant ne peut pas être récupéré. Les validateurs ou reformateurs FASTA en ligne, notamment les services basés sur EMBOSS ou Galaxy, peuvent nettoyer et examiner le texte de la séquence, mais ne peuvent pas répondre à une exigence de données AB1 mesurées.

Pour les séquences confidentielles, inédites ou liées à des patients, utilisez un logiciel local plutôt que de téléverser les fichiers vers un site de conversion non vérifié. Un éditeur de chromatogrammes pour ordinateur convient lorsqu’un fichier AB1 original existe ; il ne peut pas en recréer un à partir d’un fichier FASTA consensus.

Limites de compatibilité

AB1 est un fichier binaire ABIF, et non une séquence texte portant une extension différente. Renommer sequence.fasta en sequence.ab1 ne modifie pas le contenu et amène normalement l’application à signaler un fichier corrompu ou non pris en charge.

Certains programmes ne lisent que certains enregistrements ABIF ou prennent en charge l’affichage, mais pas la modification ni l’exportation. Conservez le fichier original sans le modifier, testez le fichier obtenu dans le logiciel du destinataire et fournissez séparément le fichier FASTA aux applications qui ont uniquement besoin de la séquence appelée.