Convertisseur en ligne gratuit de LIF en OME.TIFF

Les logiciels et instruments de microscopie Leica enregistrent généralement les acquisitions d’images multidimensionnelles au format LIF, tandis que de nombreux outils d’analyse, d’archivage et d’interopérabilité attendent le format OME-TIFF. La conversion du fichier préserve les plans d’image et, lorsque l’importateur le permet, les métadonnées de microscopie dans un format basé sur TIFF largement lisible.

Qu’est-ce que le format LIF ?

LIF est le conteneur propriétaire de Leica Microsystems pour les acquisitions en fluorescence, confocales et autres acquisitions de microscopie. Un seul fichier peut contenir plusieurs séries d’images, canaux, piles z, points temporels, scènes et métadonnées d’acquisition. Leica LAS X et les anciens logiciels d’imagerie Leica créent des fichiers LIF, qui sont donc courants lorsque les données sont exportées directement depuis des microscopes Leica.

Comme LIF est propriétaire et peut contenir plusieurs séries indépendantes, les visionneuses d’images ordinaires n’affichent souvent qu’une partie des données ou ne peuvent pas ouvrir le fichier.

Qu’est-ce que le format OME-TIFF ?

OME-TIFF stocke les données d’image TIFF avec des métadonnées OME-XML décrivant des dimensions telles que la taille, les canaux, la profondeur z, les points temporels, le type de pixel et l’étalonnage physique. Il est pris en charge par Fiji, ImageJ, Bio-Formats, napari, OMERO, QuPath et d’autres logiciels d’imagerie scientifique.

Utilisez OME-TIFF lorsque l’application destinataire nécessite un format de microscopie ouvert et documenté ou lorsque le jeu de données doit conserver sa structure multidimensionnelle au lieu d’être réduit à un JPEG ou à un TIFF ordinaire. Les jeux de données volumineux peuvent être écrits au format BigTIFF ou sous forme de séquence OME-TIFF à plusieurs fichiers.

Comment convertir LIF en OME-TIFF

Utilisation de Fiji et de Bio-Formats

1. Installez Fiji, qui inclut le lecteur et l’outil d’écriture Bio-Formats.
2. Ouvrez le fichier avec File → Open et sélectionnez sample.lif. Dans la boîte de dialogue Bio-Formats Import Options, choisissez la série requise. Activez Use virtual stack pour les jeux de données trop volumineux pour être chargés en mémoire.
3. Pour une seule série sélectionnée, utilisez Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Exporter.
4. Définissez le nom du fichier de sortie sur sample.ome.tiff, choisissez une compression sans perte telle que LZW ou aucune compression, puis enregistrez.
5. Répétez l’exportation pour chaque série LIF si le fichier contient plusieurs scènes ou acquisitions. Vérifiez le fichier exporté en le rouvrant avec Bio-Formats et en contrôlant les canaux, les tranches z, les points temporels et l’étalonnage des pixels.

Utilisation des outils en ligne de commande Bio-Formats

Installez les outils en ligne de commande Bio-Formats et exécutez :

bfconvert input.lif output.ome.tiff

Pour convertir une série d’un fichier LIF contenant plusieurs séries, indiquez son index de série de base zéro :

bfconvert -series 0 input.lif output.ome.tiff

Pour utiliser une compression LZW sans perte, exécutez :

bfconvert -compression LZW input.lif output.ome.tiff

Vérifiez l’OME-XML généré et les dimensions avec showinf output.ome.tiff, un autre utilitaire en ligne de commande Bio-Formats. Pour une conversion occasionnelle sans installer de logiciel, le convertisseur gratuit de 101convert.com peut être utilisé.

Qualité, compatibilité et limitations

• Choisissez une compression sans perte ou aucune compression pour la microscopie quantitative : la compression JPEG peut modifier les valeurs d’intensité et introduire des artefacts.
• Un fichier LIF peut contenir plusieurs séries ayant des dimensions différentes. L’exportation de la seule série actuellement sélectionnée ne convertit pas les autres séries.
• La prise en charge des métadonnées OME-TIFF dépend du lecteur. Vérifiez les noms des canaux, les attributions de couleurs, la taille physique des pixels, l’espacement z, les intervalles temporels et les dates d’acquisition après la conversion.
• Les fichiers très volumineux peuvent dépasser les limites du TIFF classique. Utilisez BigTIFF ou une option OME-TIFF à plusieurs fichiers lorsque l’outil d’exportation la propose, et confirmez que l’application destinataire prend en charge cette variante.
• N’utilisez pas l’exportation d’image ordinaire si la préservation des piles z, des séries temporelles, des canaux ou des métadonnées de microscopie est nécessaire : utilisez plutôt l’importation et l’exportation Bio-Formats.