Convertisseur en ligne gratuit de LIF en TIFF

Qu’est-ce que le format LIF ?

LIF, qui signifie généralement Leica Image File, est un conteneur de microscopie propriétaire créé par des logiciels Leica Microsystems tels que Leica Application Suite et LAS X. Un seul fichier LIF peut contenir plusieurs séries d’images avec des canaux distincts, des piles z, des points temporels, des numérisations en mosaïque et des métadonnées du microscope.

Les fichiers LIF sont couramment produits par les systèmes de microscopes à fluorescence, confocaux et à champ large Leica. Ils peuvent ne pas s’ouvrir correctement dans les applications ordinaires de photo ou de document, car les données d’image peuvent être multidimensionnelles plutôt qu’une simple image plane.

Qu’est-ce que le format TIFF ?

TIFF est un format d’image raster largement pris en charge, utilisé par les éditeurs d’images, les applications de publication assistée par ordinateur, les logiciels scientifiques et les flux de travail d’archivage. Il prend en charge les images en niveaux de gris, RGB et multicanaux, ainsi que les données de pixels 8-bit, 16-bit, and some 32-bit.

TIFF convient lorsque vous avez besoin d’une qualité d’image élevée et d’une large compatibilité. Les compressions LZW et ZIP sont sans perte ; les fichiers TIFF non compressés sont plus volumineux, tandis que les fichiers TIFF compressés en JPEG peuvent supprimer des informations et sont généralement déconseillés pour la microscopie quantitative.

Comment convertir LIF en TIFF

Utilisation de Fiji avec Bio-Formats

1. Installez Fiji, qui inclut l’importateur de microscopie Bio-Formats.
2. Ouvrez Fiji et choisissez Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Importer.
3. Sélectionnez le fichier .lif. S’il contient plusieurs séries, choisissez la série requise dans la boîte de dialogue de sélection des séries.
4. Conservez la profondeur de bits d’origine. Activez les options telles que View stack with ou Open all series uniquement lorsque vous avez besoin d’une pile ou de plusieurs séries dans Fiji.
5. Pour obtenir un TIFF ordinaire, choisissez File → Save As → Tiff et indiquez le nom du fichier de sortie.
6. Pour un jeu de données multidimensionnel, utilisez Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Exporter lorsque cette option est disponible, puis sélectionnez TIFF ou OME-TIFF et configurez les paramètres de compression et de dimensions requis.

Fiji peut également ouvrir les fichiers LIF via File → Open lorsque le lecteur Bio-Formats est enregistré, mais le Bio-Formats Importer offre un contrôle accru sur les séries, les canaux et les piles.

Utilisation du convertisseur en ligne

Vous pouvez convertir gratuitement le fichier sur le site web 101convert.com sans installer de logiciel. Téléversez le fichier LIF, sélectionnez TIFF comme format de sortie, démarrez la conversion, puis téléchargez le fichier obtenu. Ne téléversez pas de données confidentielles de patients ou de recherche, sauf si les exigences applicables en matière de confidentialité autorisent le traitement externe.

Considérations relatives à la qualité et à la compatibilité

Un fichier LIF peut contenir plusieurs jeux de données. La conversion peut donc produire un TIFF par série, canal ou point temporel, plutôt qu’un seul fichier représentant l’ensemble de l’acquisition. Vérifiez la sortie du convertisseur par rapport à la liste des séries d’origine.

Le TIFF standard peut stocker des images multipages et des piles, mais de nombreuses applications qui ne sont pas dédiées à la microscopie n’affichent que la première page. OME-TIFF est préférable pour la microscopie multidimensionnelle, car il peut conserver les métadonnées structurées relatives aux dimensions et à l’acquisition, même si certains éditeurs d’images ordinaires n’interprètent pas ces métadonnées.

Conservez les données en 16-bit pour les mesures quantitatives, les comparaisons d’intensité et les traitements ultérieurs. La conversion en 8-bit réduit la plage d’intensité disponible et ne peut pas être annulée. Vérifiez la taille des pixels, le pas z, l’intervalle temporel, les libellés des canaux et l’étalonnage après la conversion, car l’exportation TIFF peut omettre les métadonnées propres à Leica même lorsque l’image visible est conservée.