Convertisseur en ligne gratuit de NDPI en TIFF

Les fichiers NDPI sont des images de lames entières produites par les scanners NanoZoomer de Hamamatsu, mais de nombreux éditeurs d’images, systèmes de laboratoire et flux d’archivage attendent des fichiers TIFF. La conversion au format TIFF facilite l’ouverture, le traitement et le partage de l’image, bien qu’une lame en pleine résolution puisse nécessiter BigTIFF et un espace de stockage important.

Qu’est-ce que le format NDPI ?

NDPI est le format propriétaire de Hamamatsu pour les images de lames entières. Les scanners NanoZoomer enregistrent les lames de microscope sous forme d’images très volumineuses à plusieurs résolutions, avec des métadonnées associées, des miniatures et parfois des images d’étiquettes. Vous pouvez rencontrer des fichiers NDPI en recevant des numérisations de pathologie numérique ou en exportant des lames depuis Hamamatsu NDP.view2.

Le format NDPI ressemble à TIFF en interne, mais les logiciels TIFF ordinaires peuvent ne pas comprendre sa structure propriétaire. OpenSlide, Fiji avec Bio-Formats, QuPath et les logiciels Hamamatsu peuvent lire de nombreuses variantes de NDPI. La prise en charge dépend de la génération du scanner, de la compression et du contenu du fichier.

Qu’est-ce que le format TIFF ?

TIFF est un format d’image matricielle largement pris en charge, utilisé en microscopie, numérisation, publication, analyse d’images et archivage. Il prend en charge la compression sans perte telle que LZW, Deflate et Zstandard, le stockage en tuiles, les pages multiples, les métadonnées et l’extension BigTIFF pour les fichiers de plus de 4 Go.

Le format TIFF est utile lorsque l’application de destination ne peut pas ouvrir les fichiers NDPI ou lorsqu’une image doit être traitée dans un logiciel tel que ImageJ, Photoshop ou un système d’analyse de laboratoire. Un export TIFF conventionnel correspond souvent à une seule résolution ou région sélectionnée, et non à la structure complète de la lame à plusieurs résolutions contenue dans le fichier NDPI.

Comment convertir réellement un fichier NDPI en TIFF

Utilisation de 101convert en ligne

Vous pouvez convertir gratuitement le fichier sur le site 101convert.com sans installer de logiciel. Importez le fichier NDPI, sélectionnez TIFF comme format de sortie, lancez la conversion, puis téléchargez le résultat. Cette méthode convient aux fichiers acceptés par le service ; les images de lames entières très volumineuses peuvent dépasser les limites d’importation, de traitement ou de sortie, et les lames contenant des données sensibles de patients ne doivent être importées que si les contrôles de confidentialité requis sont disponibles.

Utilisation de Fiji et Bio-Formats

1. Installez Fiji, qui inclut ImageJ, puis ajoutez ou mettez à jour le plugin Bio-Formats via Help → Update.
2. Ouvrez le fichier via File → Open ou Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Importer.
3. Dans la boîte de dialogue de l’importateur, sélectionnez la série correspondant à la résolution requise et évitez d’ouvrir le niveau en pleine résolution si l’ordinateur ne dispose pas de suffisamment de RAM.
4. Enregistrez l’image ouverte avec File → Save As → TIFF.

Fiji exporte le plan d’image ou la résolution sélectionnée. Il peut ne pas conserver la pyramide NDPI, les annotations du scanner ni toutes les métadonnées propriétaires. Pour obtenir un export de taille raisonnable, choisissez une série à plus faible résolution ou exportez uniquement la région nécessaire à l’analyse.

Utilisation d’OpenSlide et de Python

OpenSlide lit les niveaux de résolution d’une lame NDPI. L’exemple suivant exporte un niveau de résolution complet sous forme de TIFF RGB :

pip install openslide-python tifffile numpy

from openslide import OpenSlide
import numpy as np
import tifffile

slide = OpenSlide('sample.ndpi')
level = 2
width, height = slide.level_dimensions[level]
image = slide.read_region((0, 0), level, (width, height)).convert('RGB')
tifffile.imwrite('sample_level2.tif', np.asarray(image), photometric='rgb', compression='zlib')
slide.close()

Modifiez level pour sélectionner un autre niveau de pyramide ; le niveau 0 correspond à la résolution disponible la plus élevée. Le niveau sélectionné est chargé en mémoire sous forme d’un tableau unique, de sorte que l’export d’une lame en pleine résolution peut épuiser la RAM. Pour les lames volumineuses, traitez des régions rectangulaires par tuiles ou exportez un niveau inférieur. Si la sortie dépasse 4 Go, utilisez BigTIFF lorsque l’application cible le prend en charge, par exemple en ajoutant bigtiff=True à tifffile.imwrite.

Qualité, compatibilité et limitations

• La conversion n’améliore pas l’image source. Si le fichier NDPI contient des données de scanner compressées en JPEG, l’export TIFF ne peut pas restaurer les détails perdus lors de la numérisation.
• Un export TIFF peut supprimer la pyramide de résolution NDPI, les données de mise au point, l’étalonnage du scanner, les annotations, les images macroscopiques et les métadonnées propriétaires. Conservez le fichier NDPI original comme référence d’archivage.
• Utilisez une compression TIFF sans perte telle que Deflate ou LZW lorsqu’une analyse ultérieure est nécessaire. Évitez la compression TIFF JPEG pour les mesures ou les modifications répétées.
• Les fichiers TIFF de lames entières peuvent atteindre des dizaines ou des centaines de gigaoctets en pleine résolution. Un fichier BigTIFF avec tuiles ou un fichier OME-TIFF est généralement plus pratique qu’un TIFF unique sans tuiles, mais la compatibilité varie selon les applications.
• Vérifiez les dimensions en pixels, l’étalonnage en micromètres par pixel, le profil colorimétrique et l’orientation après la conversion ; ces valeurs peuvent ne pas être transférées automatiquement.