Convertisseur en ligne gratuit de NDPI en PNG

Les fichiers NDPI sont des images de microscopie de lame entière, tandis que PNG est pris en charge par les éditeurs d’images courants, les navigateurs et les logiciels de présentation. La conversion est utile lorsque vous devez partager une image de lame, annoter une région sélectionnée ou utiliser des données de microscopie dans un logiciel incapable de lire le format de Hamamatsu.

Qu’est-ce que le format NDPI ?

NDPI est le format de pathologie numérique de Hamamatsu pour les lames de microscope numérisées produites par les systèmes NanoZoomer. Il contient généralement une très grande pyramide d’images à plusieurs résolutions et peut également stocker plusieurs plans focaux, des images d’étiquettes et les métadonnées de la lame.

Vous rencontrez généralement des fichiers NDPI dans les laboratoires de pathologie, les instituts de recherche médicale, les plateformes d’imagerie universitaires et les jeux de données exportés depuis les scanners Hamamatsu NanoZoomer. Comme une lame peut contenir des milliards de pixels, un fichier NDPI est beaucoup plus volumineux et complexe qu’une photographie ordinaire. La prise en charge varie selon les applications ; QuPath, Fiji avec Bio-Formats et les logiciels basés sur OpenSlide peuvent lire de nombreux fichiers NDPI.

Qu’est-ce que le format PNG ?

PNG est un format d’image raster sans perte pris en charge par les navigateurs web, les éditeurs d’images, les logiciels bureautiques et la plupart des systèmes d’exploitation. Il conserve les valeurs exactes des pixels lors de l’encodage et prend en charge la transparence, mais il ne préserve pas la pyramide de lames, les données des plans focaux, les annotations ni les métadonnées du scanner de NDPI sous une forme généralement exploitable.

PNG convient aux figures, aux captures d’écran, aux régions de tissus annotées, aux rapports et à l’affichage web. Il ne convient généralement pas comme archive de remplacement de la lame originale, car une exportation de lame entière en pleine résolution peut être extrêmement volumineuse.

Comment convertir réellement NDPI en PNG

Avec 101convert.com

1. Ouvrez le convertisseur NDPI-to-PNG sur 101convert.com ; le service peut être utilisé gratuitement sans installer de logiciel.
2. Importez le fichier .ndpi et sélectionnez PNG comme format de sortie.
3. Lancez la conversion et téléchargez le fichier .png obtenu une fois le traitement terminé.

Pour les lames très volumineuses, les limites d’importation, le temps de traitement et les dimensions de sortie peuvent empêcher une conversion complète en pleine résolution. L’exportation d’une région sélectionnée avec un logiciel de pathologie de bureau est généralement plus pratique.

Avec QuPath

1. Installez QuPath et ouvrez le fichier NDPI avec File → Open. QuPath utilise la prise en charge de Bio-Formats ou d’OpenSlide selon le fichier et la configuration.
2. Réglez l’affichage de l’image sur le grossissement requis. Pour une lame complète, utilisez la fonction d’exportation d’image ; pour une section de tissu, définissez d’abord une région rectangulaire ou une annotation.
3. Choisissez File → Export image ou la commande d’exportation correspondante dans votre version de QuPath, sélectionnez PNG et définissez la résolution de sortie ou le facteur de sous-échantillonnage.
4. Exportez l’image. Si la zone sélectionnée dépasse les limites de PNG ou de la mémoire, exportez plusieurs tuiles au lieu d’un seul fichier gigantesque.

Avec Fiji et Bio-Formats

1. Installez Fiji, qui inclut l’importateur Bio-Formats.
2. Ouvrez le fichier avec File → Open ou utilisez Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Importer.
3. Choisissez la série, le niveau de résolution et la région requis dans l’importateur. Évitez d’ouvrir la lame complète à sa résolution native, sauf si l’ordinateur dispose de suffisamment de mémoire et d’espace de stockage.
4. Enregistrez l’image affichée ou sélectionnée avec File → Save As → PNG.

Qualité, compatibilité et limitations

La compression PNG est sans perte, mais la conversion ne peut pas restaurer les détails supprimés lors de la sélection d’un niveau inférieur de la pyramide ou d’un sous-échantillonnage. Notez la taille des pixels exportés, le grossissement et les coordonnées de la région si le PNG doit être utilisé pour des mesures ou une publication.

Un PNG de lame entière peut dépasser les limites courantes de dimensions d’image ou de mémoire. QuPath ou Fiji peuvent exporter plus fiablement une vue d’ensemble sous-échantillonnée ou des tuiles séparées qu’une seule image à la résolution native. Conservez le fichier NDPI original pour un usage diagnostique, quantitatif ou archivistique, car PNG omet généralement la pyramide d’images NDPI, les métadonnées du scanner, les couches de mise au point et la structure propre à la pathologie.

Les fichiers NDPI peuvent contenir des informations sur le patient ou le spécimen dans les métadonnées ou les noms de fichiers. Supprimez les informations permettant l’identification avant de partager les images exportées et vérifiez le PNG avec un zoom de 100 % après la conversion afin de contrôler le recadrage, l’orientation, les couleurs et la résolution sélectionnée.