Convertisseur en ligne gratuit de OIF en PNG

Ce qu’est le format OIF

OIF signifie Olympus Image Format et est utilisé pour les données de microscopie capturées par Olympus FluoView et les systèmes d’imagerie confocale associés. Le logiciel d’acquisition Olympus peut enregistrer l’image avec des métadonnées décrivant les canaux, les sections z, les points temporels, la taille des pixels et les paramètres du microscope. Un jeu de données OIF peut inclure des fichiers de données associés ou un fichier binaire OIB associé ; conservez donc l’intégralité du jeu de données original plutôt que de copier uniquement le fichier .oif visible.

OIF est couramment utilisé dans les laboratoires, les archives de microscopie et les flux de travail d’analyse d’images. Les visionneuses généralistes peuvent ne pas le reconnaître, mais Fiji/ImageJ avec le Bio-Formats Importer peut généralement le lire.

Ce qu’est le format PNG

PNG est un format d’image raster sans perte pris en charge par les navigateurs web, les logiciels bureautiques, les éditeurs graphiques et les applications scientifiques. Il préserve les valeurs des pixels sans les artefacts de compression propres à JPEG et prend en charge la transparence ainsi que, lorsque le logiciel l’autorise, les données en niveaux de gris sur 16 bits.

PNG convient à un canal, une coupe z, un point temporel ou un composite rendu destiné à l’affichage, à l’annotation, à la mise en page d’une publication ou au partage. Il ne remplace pas le jeu de données OIF original lorsque les métadonnées du microscope, les canaux multiples, les piles z, les séries temporelles ou l’étalonnage quantitatif doivent rester disponibles.

Comment convertir OIF en PNG

Utilisation de Fiji/ImageJ et de Bio-Formats

1. Installez Fiji, qui inclut normalement le Bio-Formats Importer.
2. Ouvrez le jeu de données avec File → Open et sélectionnez le fichier .oif. Si le jeu de données comporte des fichiers associés, laissez-les dans leur dossier d’origine.
3. Dans la fenêtre Bio-Formats Import Options, choisissez la série requise. Activez View stack with ou l’option de pile équivalente si vous devez examiner les sections z, les canaux ou les points temporels.
4. Sélectionnez le canal, la coupe et le point temporel à exporter. Pour une image composite, ajustez les couleurs et la visibilité des canaux avant l’enregistrement.
5. Exportez le plan affiché avec File → Save As → PNG, puis choisissez un nom de fichier tel que sample_c1_z05.png.
6. Pour exporter chaque plan dans un fichier PNG distinct, utilisez File → Save As → Image Sequence et sélectionnez PNG. Vérifiez que le schéma de nommage de sortie enregistre les numéros de canal, de coupe ou de point temporel.

Pour une conversion rapide sans installer de logiciel, téléversez le jeu de données OIF sur 101convert.com, sélectionnez PNG, puis téléchargez le résultat. Cette option ne convient pas aux données de microscopie confidentielles ou réglementées, sauf si la politique de traitement des fichiers autorise leur téléversement.

Limites de qualité et de compatibilité

La compression PNG est sans perte, mais l’exportation peut tout de même modifier les données. Fiji ou un autre lecteur peut convertir une source 12 bits ou 16 bits en 8 bits si l’image est affichée ou convertie avec ce paramètre ; vérifiez Image → Type avant l’enregistrement lorsque les valeurs d’intensité quantitatives sont importantes. Évitez d’étirer le contraste ou d’appliquer une table de correspondance, sauf si le PNG est destiné uniquement à la présentation.

Un PNG contient normalement une seule vue rastérisée. Les métadonnées propres à OIF, l’étalonnage du microscope, les relations entre les canaux, la structure de la pile z, les informations de série temporelle et les paramètres d’acquisition peuvent être supprimés. Conservez le jeu de données OIF/OIB original et utilisez le PNG comme fichier dérivé pour l’affichage ou la publication.