Convertisseur en ligne gratuit de VSI en PNG

Le logiciel de microscope Olympus stocke les images de lames entières au format VSI, tandis que de nombreux éditeurs d’images, navigateurs et systèmes de documentation acceptent plutôt le format PNG. La conversion du fichier produit une image matricielle portable destinée au partage, à l’annotation, à l’utilisation sur le Web ou à la modification de base, mais elle peut ne représenter qu’une seule vue de lame sélectionnée plutôt que l’ensemble de la base de données à plusieurs résolutions.

Qu’est-ce que le format VSI ?

VSI signifie généralement Virtual Slide Image, un format propriétaire de microscopie de lame entière créé par des logiciels Olympus tels que cellSens et affiché avec OlyVIA. Il stocke les images microscopiques à plusieurs résolutions, souvent sous forme de données en tuiles, ainsi que les métadonnées d’acquisition.

Un jeu de données VSI peut inclure des fichiers .ets associés contenant les données d’image. Conservez le fichier .vsi et ses fichiers associés dans le même dossier ; l’ouverture du seul fichier VSI peut produire une image incomplète ou une erreur signalant l’absence d’une série. Si l’extension provient d’un logiciel autre que les applications de microscopie Olympus, identifiez d’abord cette source, car VSI n’est pas un format universel à usage unique.

Qu’est-ce que le format PNG ?

PNG est un format matriciel sans perte largement pris en charge. Il préserve les valeurs des pixels sans la perte générationnelle associée au format JPEG et prend en charge la transparence, ce qui le rend adapté aux figures, aux captures d’écran, aux annotations de lames, aux présentations et aux pages Web.

PNG ne préserve pas la structure du jeu de données VSI, les métadonnées du microscope, les niveaux de mise au point ni la pyramide de résolutions. Un PNG converti est normalement un plan d’image matricielle ou un champ de vision sélectionné.

Comment convertir VSI en PNG

Utilisation de Fiji et de Bio-Formats

1. Installez Fiji, qui inclut l’importateur Bio-Formats, et conservez tous les fichiers appartenant au jeu de données VSI dans un même dossier.
2. Démarrez Fiji et choisissez File → Open, puis sélectionnez le fichier .vsi. Si Fiji demande d’utiliser Bio-Formats, acceptez.
3. Dans Bio-Formats Import Options, sélectionnez la série requise. Pour un fichier de lame entière, choisissez le niveau de résolution ou la région souhaitée plutôt que de charger la lame à sa résolution maximale si la mémoire de l’ordinateur est limitée.
4. Pour une image complète ou une zone sélectionnée, utilisez les outils de recadrage ou de sélection de région de Fiji. Convertissez l’affichage en RGB avec Image → Type → RGB Color lorsque la sortie doit être un PNG couleur standard.
5. Choisissez File → Save As → PNG et enregistrez le résultat avec une extension .png.

L’exportation PNG depuis Fiji enregistre généralement le plan d’image actif. Si l’importation a ouvert une pile, exportez la tranche requise ou utilisez un flux de travail basé sur une séquence d’images pour plusieurs plans ; ne vous attendez pas à ce qu’un seul fichier PNG contienne la pile VSI d’origine.

Utilisation des logiciels Olympus

Ouvrez le jeu de données dans OlyVIA ou cellSens, sélectionnez le grossissement et la région requis, puis utilisez la commande d’exportation d’image de l’application, généralement accessible via File → Export ou File → Save As. Choisissez PNG et définissez les dimensions ou la résolution d’exportation avant l’enregistrement. Les noms des menus varient selon les versions des produits Olympus.

Conversion en ligne

Vous pouvez convertir gratuitement le fichier sur le site Web 101convert.com sans installer de logiciel. Téléversez l’ensemble du jeu de données VSI lorsque le convertisseur demande les fichiers associés ; un fichier .vsi autonome peut ne pas contenir tous les pixels de l’image. La conversion en ligne ne convient pas aux données confidentielles de patients ou de recherche, à moins que les conditions de traitement des données du site ne répondent à vos exigences.

Limites de qualité et de compatibilité

Choisissez délibérément la résolution de sortie. L’exportation d’un aperçu basse résolution produit un petit PNG, mais supprime les détails cellulaires fins ; l’exportation d’une lame entière en pleine résolution peut créer une image très volumineuse dépassant les limites de PNG, du navigateur ou de l’application.

PNG prend en charge les données en niveaux de gris et RGB sur 8 ou 16 bits, mais les visionneuses ordinaires peuvent afficher incorrectement les images 16 bits ou les réduire à 8 bits. Pour les figures couleur courantes, le PNG RGB constitue le choix le plus compatible. Conservez les fichiers VSI d’origine lorsque les métadonnées, l’étalonnage, les piles Z, les différents plans focaux ou un retraitement ultérieur sont importants.