Convertisseur en ligne gratuit de VSI en OME.TIFF

Qu’est-ce que le format VSI ?

VSI est un format propriétaire de lame virtuelle utilisé par les scanners Olympus de la série VS et le logiciel Olympus cellSens. Un jeu de données VSI peut contenir des images de microscope en tuiles et à plusieurs résolutions, plusieurs canaux, plusieurs plans focaux et des métadonnées d’acquisition. Il est généralement associé à un dossier complémentaire contenant les données d’image. Copiez donc l’ensemble du jeu de données original avant la conversion : déplacer uniquement le fichier .vsi peut rendre la lame illisible.

Qu’est-ce que le format OME-TIFF ?

OME-TIFF est un format de microscopie basé sur TIFF qui stocke les pixels avec des métadonnées OME-XML décrivant les dimensions, les canaux, les plans, les tailles de pixels physiques et les informations d’acquisition associées. Il est pris en charge par Fiji, Bio-Formats, QuPath, napari avec les plugins appropriés et de nombreuses bibliothèques de traitement d’images scientifiques.

OME-TIFF est préférable lorsque le logiciel ne peut pas lire VSI, lorsque les jeux de données doivent être échangés entre des applications de microscopie ou lorsque les métadonnées doivent rester dans une structure documentée. Il peut utiliser une compression sans perte telle que LZW et peut être écrit au format BigTIFF lorsque le fichier de sortie dépasse la limite de taille du TIFF classique.

Comment convertir VSI en OME-TIFF

Utilisation de Bio-Formats

Bio-Formats est l’option de bureau et de ligne de commande la plus directe, car il inclut un lecteur VSI et un générateur OME-TIFF.

1. Installez Fiji, qui inclut Bio-Formats, ou téléchargez les outils de ligne de commande Bio-Formats.
2. Conservez le fichier .vsi et son dossier de données associé ensemble.
3. Pour effectuer une conversion en ligne de commande, exécutez :

bfconvert -compression LZW -overwrite input.vsi output.ome.tiff

Utilisez BigTIFF pour un résultat très volumineux :

bfconvert -bigtiff -compression LZW -overwrite input.vsi output.ome.tiff

Si le fichier VSI contient plusieurs séries d’images, consultez d’abord la liste des séries et convertissez séparément les séries requises. Dans le cas contraire, Bio-Formats peut écrire plusieurs séries ou générer des noms de sortie basés sur la série source. Une commande courante pour une série spécifique est :

bfconvert -series 0 -compression LZW -overwrite input.vsi output-series-0.ome.tiff

Les options disponibles exactes dépendent de la version de Bio-Formats ; exécutez bfconvert -help pour les vérifier.

Utilisation de Fiji

1. Ouvrez le jeu de données via Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Importer.
2. Sélectionnez le fichier VSI et conservez les dimensions, les canaux et les séries d’origine dans les options de l’importateur.
3. Exportez l’image ouverte via File → Save As → OME-TIFF, ou utilisez l’exportateur Bio-Formats lorsqu’il est disponible.
4. Sélectionnez la compression LZW pour un stockage sans perte et choisissez BigTIFF si la taille de sortie estimée dépasse 4 Go.

Pour une image de lame entière, vérifiez si l’exportateur sélectionné conserve une pyramide à plusieurs résolutions. S’il n’exporte que la résolution actuellement ouverte, le résultat est un OME-TIFF valide, mais pas une lame pyramidale équivalente.

Conversion sans logiciel installé

Vous pouvez convertir le fichier gratuitement sur le site 101convert.com sans installer de logiciel, à condition que le service accepte le jeu de données VSI et ses fichiers associés. Téléversez l’intégralité du jeu de données lorsque le convertisseur demande les fichiers complémentaires et vérifiez que le fichier OME-TIFF obtenu contient les séries et les métadonnées requises.

Qualité, compatibilité et limites

La compression LZW est sans perte : elle préserve les valeurs des pixels tout en réduisant la taille du fichier ; la compression JPEG peut introduire des artefacts et ne convient pas lorsque les mesures quantitatives dépendent des pixels d’origine. Une conversion ne peut pas restaurer les informations absentes du lecteur ou de l’exportateur VSI, et certaines annotations spécifiques à Olympus, données de platine, informations détaillées de la pyramide ou métadonnées propriétaires peuvent ne pas être transposées dans OME-XML.

Vérifiez le fichier de sortie dans Fiji ou Bio-Formats en comparant la largeur, la hauteur, le nombre de canaux, la profondeur z, les points temporels, le type de pixels et la taille de pixel physique avec la source. Testez également le fichier dans l’application cible : un OME-TIFF conforme aux normes peut contenir des métadonnées valides tout en ne disposant pas de la structure pyramidale ou des annotations spécifiques au fabricant requises par une visionneuse particulière de lames entières.