Convertisseur en ligne gratuit de VSI en TIFF

Ce qu’est le format VSI

VSI est un format propriétaire de lame virtuelle utilisé par Olympus, désormais Evident, ainsi que par les scanners de microscopes tels que le VS-120. OlyVIA et les logiciels d’imagerie Olympus associés créent et ouvrent des fichiers VSI pour la microscopie sur lame entière.

Un jeu de données VSI contient généralement un fichier principal .vsi ainsi que des dossiers ou fichiers associés contenant des tuiles d’image, plusieurs résolutions, des canaux, des plans de mise au point et des métadonnées du microscope. L’image est généralement stockée sous la forme d’une pyramide de tuiles à plusieurs résolutions plutôt que comme un bitmap ordinaire unique. Vous pouvez rencontrer des fichiers VSI dans les laboratoires de pathologie, les archives de recherche et les jeux de données exportés depuis des scanners de lames Olympus.

Ce qu’est le format TIFF

TIFF est un format d’image raster largement pris en charge par ImageJ, Photoshop, les logiciels d’imagerie scientifique, les applications de publication assistée par ordinateur et les archives numériques. Il prend en charge la compression sans perte, les grandes profondeurs de bits, plusieurs canaux et les grandes images ; BigTIFF est requis lorsque la sortie dépasse la limite de taille du TIFF classique, d’environ 4 Go.

TIFF convient lorsque vous avez besoin d’un champ microscopique sélectionné pour l’analyse, d’une image aplatie pour la retouche ou d’une copie d’archivage largement compatible. Un TIFF normal ne préserve pas automatiquement toutes les fonctionnalités d’une lame virtuelle VSI, telles que sa pyramide complète, les annotations du scanner, les métadonnées propriétaires ou toutes les séries de plans de mise au point et de canaux.

Comment convertir concrètement VSI en TIFF

Utiliser Fiji et Bio-Formats

1. Installez Fiji, qui inclut l’importateur Bio-Formats. Conservez le fichier original .vsi et tous les dossiers fournis avec celui-ci selon la même structure relative.
2. Ouvrez le fichier avec File → Open, ou utilisez Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Importer, puis sélectionnez le fichier .vsi.
3. Dans la boîte de dialogue d’importation, sélectionnez la série d’images requise. Une lame peut exposer plusieurs séries correspondant à différentes résolutions, différents canaux ou différents plans de mise au point.
4. Choisissez d’ouvrir l’image en pleine résolution ou une série à résolution inférieure. Pour les lames très volumineuses, utilisez une région d’intérêt ou une série à résolution réduite au lieu de charger la lame entière en mémoire.
5. Enregistrez l’image sélectionnée avec File → Save As → TIFF. Si l’image dépasse 4 Go, activez BigTIFF lorsque la version de Fiji/ImageJ disponible propose cette option, ou exportez des régions plus petites.

Utiliser la ligne de commande Bio-Formats

Bio-Formats inclut bfconvert, qui peut lire de nombreux jeux de données VSI et écrire une sortie TIFF :

bfconvert input.vsi output.tif

Lorsque le VSI contient plusieurs séries, examinez d’abord le jeu de données avec Bio-Formats ou Fiji, puis convertissez séparément les séries requises. Utilisez une option de sortie BigTIFF prise en charge par la version de Bio-Formats installée lorsque la sortie prévue dépasse 4 Go. Conservez le jeu de données VSI original, car la conversion peut aplatir les dimensions ou supprimer les métadonnées spécifiques au fournisseur.

Utiliser le convertisseur en ligne

Vous pouvez convertir le fichier gratuitement sur 101convert.com sans installer de logiciel. Importez le fichier VSI, choisissez TIFF comme format de sortie, lancez la conversion, puis téléchargez le résultat. Si le VSI fait référence à des données complémentaires, conservez ces fichiers disponibles et utilisez plutôt Bio-Formats sur ordinateur si le convertisseur dans le navigateur ne peut pas reconstituer la lame complète.

Qualité, compatibilité et limitations

• Choisissez une compression TIFF sans perte, telle que LZW ou Deflate, lorsque la préservation des valeurs de pixels est importante. La compression JPEG peut introduire des artefacts et ne convient pas à la microscopie quantitative.
• Vérifiez le type de pixels exporté. Un VSI en niveaux de gris 16 bits ou multicanal ne doit pas être converti involontairement en 8 bits, car cela réduit la précision des intensités.
• Vérifiez l’échelle physique après l’exportation. Les métadonnées de taille des pixels peuvent ne pas être conservées dans un TIFF aplati ; conservez donc séparément le grossissement d’origine et les informations en micromètres par pixel si des mesures sont nécessaires.
• Un VSI multicanal ou une pile z peut être exporté sous forme de séries TIFF, de pages ou de fichiers distincts selon les paramètres Bio-Formats sélectionnés. Vérifiez que tous les canaux et plans requis sont présents.
• Les TIFF de lames entières volumineuses peuvent dépasser les limites des applications ou des systèmes de fichiers. L’exportation d’une région définie, la sélection d’une série à résolution inférieure ou l’utilisation de BigTIFF permet d’éviter les échecs causés par la mémoire ou par la limite de taille du TIFF classique.