Convertisseur en ligne gratuit de CZI en OME.TIFF

Qu’est-ce que le format CZI ?

CZI est le conteneur d’images Zeiss Carl Zeiss utilisé par ZEISS ZEN et les systèmes de microscopie associés. Il peut stocker des acquisitions multicanaux, en pile Z, en accéléré, carrelées, assemblées et à grande profondeur de bits, ainsi que les métadonnées d’étalonnage, d’objectif, de canal et d’acquisition. Vous le rencontrez généralement après avoir collecté des données sur des microscopes ZEISS ou reçu des jeux de données provenant d’un laboratoire qui utilise ZEN.

Qu’est-ce que le format OME-TIFF ?

OME-TIFF est une image TIFF accompagnée de métadonnées OME-XML décrivant des dimensions telles que X, Y, Z, les canaux, les points temporels et les séries d’images. Il est destiné à assurer l’interopérabilité avec Fiji, Bio-Formats, OMERO, napari, QuPath et d’autres logiciels d’imagerie scientifique.

OME-TIFF est utile lorsqu’une application ne peut pas ouvrir les fichiers CZI, lorsque les métadonnées doivent respecter une spécification ouverte ou lorsqu’un pipeline d’analyse attend des fichiers TIFF en entrée. Il peut préserver les données multipages et multidimensionnelles de manière plus fiable que l’exportation de captures d’écran individuelles, bien que les métadonnées conservées dépendent précisément du lecteur et de l’outil d’écriture.

Comment convertir CZI en OME-TIFF

Utiliser Fiji et Bio-Formats

1. Installez Fiji, qui inclut l’importateur et l’exportateur Bio-Formats.
2. Ouvrez la source avec File → Open et sélectionnez le fichier .czi.
3. Dans la boîte de dialogue Bio-Formats Import Options, conservez la structure multidimensionnelle d’origine lorsque cela est nécessaire. Activez View stack with ImageJ ou ouvrez l’image sous forme d’hyperstack ; évitez de convertir les données en un seul plan 8 bits si la profondeur de bits d’origine est importante.
4. Utilisez Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Exporter.
5. Sélectionnez OME-TIFF comme format de sortie, choisissez la série requise, définissez une compression sans perte telle que LZW si elle est disponible, puis enregistrez avec un nom tel que sample.ome.tiff.
6. Rouvrez le résultat dans Fiji et vérifiez le nombre de canaux, les coupes Z, les points temporels, le type de pixels et les dimensions physiques des pixels avant de l’utiliser pour l’analyse.

Utiliser la ligne de commande Bio-Formats

L’utilitaire en ligne de commande Bio-Formats bfconvert convient aux conversions répétables et au traitement par lots. Une conversion de base est la suivante :

bfconvert input.czi output.ome.tiff

Pour convertir uniquement la première série d’images et utiliser la compression LZW sans perte, utilisez :

bfconvert -series 0 -compression LZW input.czi output.ome.tiff

Mettez entre guillemets les chemins contenant des espaces. Pour les fichiers contenant plusieurs séries, examinez chaque série et convertissez celles qui sont nécessaires au lieu de supposer que la première série contient l’expérience complète. Les options exactes de la ligne de commande dépendent de la version de Bio-Formats installée ; exécutez bfconvert -help pour les afficher.

Utiliser 101convert.com

Vous pouvez également convertir le fichier gratuitement sur 101convert.com sans installer de logiciel. Cette option est pratique pour un seul fichier, mais vérifiez les dimensions de sortie, les métadonnées et la taille du fichier après le téléchargement, en particulier pour les grands jeux de données de microscopie ou les fichiers contenant des données de recherche sensibles.

Qualité, compatibilité et limitations

Choisissez une compression sans perte telle que LZW ou une sortie non compressée lorsque les valeurs des pixels doivent rester inchangées. La compression JPEG peut modifier les mesures quantitatives et ne doit pas être utilisée pour les données de microscopie analytique.

Un fichier CZI peut contenir des détails d’acquisition propriétaires, des positions de platine, des paramètres instrumentaux, des annotations, des miniatures, des pièces jointes ou plusieurs séries associées. OME-TIFF préserve normalement les plans d’image et les métadonnées OME standard, mais il peut ne pas conserver tous les champs spécifiques à Zeiss. Conservez le fichier CZI original comme référence d’archivage.

Les grands jeux de données peuvent dépasser les limites du TIFF classique ou produire de très gros fichiers de sortie. Utilisez une version de Bio-Formats compatible avec BigTIFF lorsque la sortie dépasse 4 Go, et vérifiez que l’application destinataire prend en charge BigTIFF et la structure OME-TIFF sélectionnée. N’aplatissez pas les canaux, les coupes Z ou les points temporels, sauf si le programme cible exige une image bidimensionnelle.