Convertisseur en ligne gratuit de CZI en PNG

Les équipes de microscopie créent des copies PNG lorsque les rapports, les logiciels de présentation, les systèmes web ou les collaborateurs ont besoin d’une image standard au lieu d’un conteneur de données ZEISS. Un PNG est généralement une vue 2D rendue ; le CZI original doit donc rester disponible pour l’analyse et le retraitement.

Qu’est-ce que le format CZI ?

CZI est le format de conteneur propriétaire utilisé par le logiciel de microscopie ZEISS ZEN et les systèmes d’imagerie ZEISS. Un fichier .czi peut contenir plusieurs scènes, des canaux de fluorescence, des coupes Z, des points temporels, des numérisations en mosaïque, des niveaux de pyramide, des positions de platine, des données d’étalonnage, les réglages de l’objectif et les métadonnées d’acquisition.

Les fichiers CZI sont courants en microscopie confocale, en numérisation de lames, en imagerie tissulaire, en imagerie cellulaire et dans les expériences en time-lapse. ZEISS ZEN lit directement les fichiers CZI, tandis que Fiji/ImageJ peut les lire via l’importateur Bio-Formats.

Qu’est-ce que le format PNG ?

PNG est un format d’image raster compressé sans perte pris en charge par les navigateurs, les logiciels bureautiques, les systèmes d’exploitation et les éditeurs d’images. Il convient à un plan unique, à un composite de canaux rendu, à une figure annotée ou à une image d’ensemble, car il évite les artefacts de compression JPEG.

PNG stocke des pixels entiers en niveaux de gris, RGB ou RGBA, notamment des échantillons 8 bits et 16 bits selon la spécification du format. Il ne peut pas stocker la pile de canaux, la dimension Z, la dimension temporelle, la disposition en mosaïque, l’étalonnage ou les métadonnées d’acquisition d’un CZI comme un jeu de données de microscopie équivalent. PNG ne prend pas en charge les échantillons de pixels en virgule flottante.

Convertir un fichier CZI en PNG

Pour un export rapide, téléversez le fichier .czi vers le convertisseur sur 101convert.com, choisissez PNG, puis téléchargez le résultat. Cette méthode convient à une image 2D simple ou à un aperçu, mais examinez attentivement le résultat : un CZI multidimensionnel peut nécessiter le choix d’une scène, d’un canal, d’un plan Z, d’un point temporel ou d’un composite rendu qu’une conversion automatique ne peut pas déduire.

Ne téléversez pas de données patient, de résultats non publiés ou de données de microscopie à accès restreint, sauf si le transfert externe est autorisé par la politique institutionnelle applicable.

Exporter avec ZEISS ZEN

1. Ouvrez le fichier CZI dans ZEISS ZEN.
2. Sélectionnez la scène, le canal ou le composite de canaux, le plan Z, le point temporel et la région requis.
3. Définissez les couleurs des canaux et les plages d’affichage uniquement lors de l’exportation d’un rendu destiné à une présentation ou à une publication.
4. Utilisez la commande d’exportation correspondant à la version, généralement accessible via File → Export ou un menu contextuel de l’image, puis sélectionnez PNG.
5. Choisissez la taille de sortie et la profondeur de bits lorsque ces options sont disponibles, puis vérifiez le fichier exporté par rapport à la vue sélectionnée.

ZEN est l’option la plus sûre pour les fichiers contenant des dispositions de scènes spécifiques à ZEISS, des numérisations en mosaïque ou des réglages d’affichage, car il interprète l’acquisition dans son environnement natif. Les noms des menus et les commandes d’exportation disponibles varient selon la version de ZEN et le module sous licence.

Exporter avec Fiji et Bio-Formats

1. Installez Fiji, qui inclut Bio-Formats.
2. Ouvrez Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Importer, sélectionnez le fichier CZI et choisissez la série requise. Une série représente souvent une scène, une position ou une région d’acquisition.
3. Sélectionnez le canal, la coupe Z et le point temporel requis à l’aide des commandes hyperstack.
4. Pour des données de canaux séparés, utilisez Image → Color → Split Channels et exportez chaque plan requis. Pour un composite d’affichage, configurez les canaux, puis utilisez Image → Type → RGB Color avant l’enregistrement.
5. Enregistrez l’image sélectionnée via File → Save As → PNG, en utilisant des noms tels que sample_c1_z005_t012.png.

Un PNG normal représente une image raster unique, et non une pile Z ou une série temporelle. Exportez les plans sous forme de fichiers numérotés, ou utilisez File → Export → Image Sequence lorsque plusieurs fichiers PNG distincts sont requis.

Bio-Formats inclut également bfconvert pour les flux de travail automatisés. Utilisez bfconvert -help pour connaître les options de série, de plan et de modèle de nom de fichier de la version installée, et testez un CZI représentatif avant la conversion par lots.

Remarques sur la qualité et la compatibilité

La compression PNG sans perte ne rend pas l’exportation sans perte. Le recadrage, le sous-échantillonnage, le mélange des canaux, le rendu des couleurs, les changements de contraste et la conversion de données source 16 bits ou en virgule flottante peuvent supprimer ou modifier des informations avant la compression PNG.

Un composite de fluorescence affiché est normalement un rendu RGB 8 bits. Ses valeurs de pixels reflètent les LUT sélectionnées, la plage d’affichage, le gamma et le mélange des canaux, plutôt que les valeurs d’intensité d’origine. Pour les travaux quantitatifs, conservez le CZI et exportez les canaux source individuels avec leur précision disponible ; vérifiez la profondeur de bits obtenue avec le logiciel destinataire, car de nombreux visionneurs généralistes n’affichent correctement que les images 8 bits.

PNG ne conserve pas la taille des voxels, l’échelle, les noms des canaux, les horodatages, les détails de l’objectif, les coordonnées de la platine ni l’espacement Z. N’ajoutez une barre d’échelle qu’à une copie destinée à la présentation, et consignez séparément l’étalonnage et les réglages d’affichage.

Les numérisations de lames entières et les mosaïques assemblées peuvent être trop volumineuses pour les visionneurs PNG courants ou nécessiter beaucoup de mémoire lors de l’exportation. Exportez plutôt une région d’intérêt, une vue d’ensemble sous-échantillonnée ou des tuiles séparées. Utilisez OME-TIFF ou un autre format prenant en charge la microscopie lorsqu’un fichier d’échange doit préserver les données d’image multidimensionnelles et les métadonnées.