Convertisseur en ligne gratuit de LIF en PNG

Qu’est-ce que le format LIF ?

LIF est le format Leica Image File, un conteneur propriétaire utilisé par les systèmes et logiciels de microscopie Leica, tels que Leica Application Suite, LAS X et les workflows d’imagerie confocale. Un seul fichier peut contenir plusieurs séries d’images, canaux, plans Z, points temporels et métadonnées d’acquisition, plutôt qu’une simple image bitmap.

Comme LIF est un conteneur de microscopie, les visionneuses d’images générales peuvent ne pas l’ouvrir correctement. Fiji/ImageJ avec le plugin Bio-Formats est une option de bureau courante pour lire les données LIF et sélectionner une série ou un plan particulier.

Qu’est-ce que le format PNG ?

PNG est un format d’image matricielle sans perte pris en charge par les navigateurs web, les logiciels bureautiques, les éditeurs d’images et les systèmes d’exploitation. Il prend en charge les niveaux de gris, les couleurs RGB, la transparence RGBA ainsi que les données de canal 8 bits ou 16 bits couramment utilisées, sans les artefacts de compression propres au format JPEG.

PNG convient lorsque le résultat doit être une image autonome destinée à l’annotation, à une présentation, à une ébauche de publication ou au web. Il ne conserve pas la structure complète du conteneur LIF, les métadonnées du microscope, les canaux multiples, les piles Z ou les séries temporelles dans un fichier PNG normal unique.

Comment convertir réellement LIF en PNG

Utilisation du convertisseur en ligne

1. Ouvrez le convertisseur LIF-to-PNG sur 101convert.com ; il peut être utilisé gratuitement sans installer de logiciel.
2. Importez le fichier .lif et démarrez la conversion.
3. Si le fichier contient plusieurs séries ou dimensions, sélectionnez l’image ou l’option de sortie requise lorsque le convertisseur en propose une. Un fichier LIF contenant plusieurs images peut produire plusieurs fichiers PNG ou une archive téléchargeable.
4. Téléchargez le fichier .png ou l’archive obtenu(e), puis ouvrez-le/la dans une visionneuse d’images afin de vérifier l’image sélectionnée, les dimensions et les couleurs.

Utilisation de Fiji et de Bio-Formats

1. Installez Fiji, qui inclut l’importateur Bio-Formats, puis ouvrez le fichier via Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Importer.
2. Sélectionnez la série LIF requise dans la boîte de dialogue d’importation. Utilisez des options telles que Split channels ou Open all series uniquement lorsque des images de canaux ou de séries distinctes sont nécessaires.
3. Pour un plan affiché, choisissez File → Save As → PNG et indiquez un nom de fichier tel que sample.png.
4. Pour chaque coupe ou point temporel, choisissez File → Save As → Image Sequence, sélectionnez PNG comme format et choisissez un dossier de sortie. Fiji écrit un fichier PNG par plan.

Qualité, compatibilité et limites

PNG préserve les valeurs de pixels exportées, mais ne peut pas conserver toutes les informations de l’acquisition source. L’exportation d’une vue composite RGB supprime les données de canal modifiables indépendamment ; l’exportation d’une image 8 bits supprime également la précision d’intensité d’une source 12 bits, 16 bits ou à virgule flottante.

Pour la microscopie quantitative, conservez le fichier LIF original et exportez des PNG en niveaux de gris 16 bits lorsque le logiciel destinataire les prend en charge. Évitez les captures d’écran, car la mise à l’échelle de l’affichage, les incrustations et les ajustements de contraste peuvent modifier les valeurs enregistrées. Vérifiez les dimensions de l’image et l’apparence des canaux après la conversion, en particulier lorsque le fichier LIF contient plusieurs séries ou une correspondance des couleurs non standard.