Convertisseur en ligne gratuit de NDPI en OME.TIFF

Qu’est-ce que le format NDPI ?

NDPI est le format propriétaire d’image de lame entière de Hamamatsu. Les scanners Hamamatsu NanoZoomer créent des fichiers NDPI lors de la numérisation de lames de pathologie, souvent accompagnés de fichiers d’index ou de métadonnées associés. Vous pouvez les rencontrer dans Hamamatsu NDP.view2, NDP.view, QuPath, Fiji et d’autres applications utilisant les lecteurs Bio-Formats ou OpenSlide.

Un fichier NDPI peut contenir une image très volumineuse en pleine résolution, des niveaux d’affichage sous-échantillonnés, plusieurs séries d’images et parfois plusieurs plans focaux. Ses métadonnées internes et sa structure pyramidale sont spécifiques au fournisseur, de sorte que les programmes TIFF généralistes peuvent ne pas l’ouvrir correctement.

Qu’est-ce que le format OME-TIFF ?

OME-TIFF est un format basé sur TIFF défini par l’Open Microscopy Environment. Il stocke les données d’image dans des répertoires TIFF et décrit les dimensions, les canaux, les tailles de pixels, les plans et les informations associées dans les métadonnées OME-XML.

Pour les images de lames entières, OME-TIFF peut contenir des niveaux de résolution carrelés et pyramidaux. Les visionneuses compatibles peuvent ainsi afficher d’abord un aperçu réduit et charger uniquement les tuiles haute résolution nécessaires à la navigation. Le format est pris en charge par Bio-Formats, Fiji, QuPath, napari avec les plugins appropriés et de nombreux flux de travail en microscopie.

OME-TIFF est utile lorsque les logiciels nécessitent un format documenté et interopérable plutôt qu’un fichier spécifique à un scanner. Il ne réduit pas automatiquement la taille d’une image : la taille de sortie dépend des données source, des paramètres de tuilage, des niveaux pyramidaux et de la compression.

Comment convertir NDPI en OME-TIFF

Utilisation de Bio-Formats bfconvert

Bio-Formats est l’option de ligne de commande pour poste de travail la plus pratique pour préserver les métadonnées de microscopie et gérer les images très volumineuses. Installez le paquet Bio-Formats depuis l’Open Microscopy Environment, puis exécutez bfconvert depuis un terminal.

1. Placez le fichier NDPI dans un dossier disposant de suffisamment d’espace libre pour la sortie. Une image OME-TIFF de lame entière peut occuper plusieurs gigaoctets.
2. Convertissez la série d’images sélectionnée avec une sortie TIFF carrelée et sans perte :

bfconvert -overwrite -bigtiff -compression LZW input.ndpi output.ome.tiff

-bigtiff convient aux fichiers susceptibles de dépasser la limite d’environ 4 Go du format TIFF classique. LZW est une compression sans perte ; utilisez JPEG uniquement lorsqu’un fichier plus petit est plus important que la préservation de chaque pixel source.

Si le NDPI contient plusieurs séries, consultez la liste des séries de Bio-Formats et convertissez celle requise avec une option de série telle que :

bfconvert -overwrite -series 0 -bigtiff -compression LZW input.ndpi output.ome.tiff

Pour obtenir une sortie pyramidale destinée à une image de lame entière, utilisez une version récente de Bio-Formats prenant en charge l’écriture pyramidale :

bfconvert -overwrite -bigtiff -compression LZW -pyramid-resolutions 5 -pyramid-scale 2 input.ndpi output.ome.tiff

Cela crée cinq niveaux de résolution avec une réduction d’un facteur deux entre les niveaux. Ajustez le nombre de niveaux et le facteur d’échelle en fonction de la visionneuse cible ; les lames très volumineuses bénéficient généralement de pyramides carrelées. Exécutez bfconvert sans arguments ou consultez l’aide de la version installée, car les options pyramidales disponibles varient selon les versions de Bio-Formats.

Utilisation de 101convert.com

Vous pouvez également convertir le fichier gratuitement sur le site 101convert.com sans installer de logiciel. Téléversez le fichier NDPI, choisissez OME-TIFF comme format de sortie, démarrez la conversion, puis téléchargez le résultat. Pour les lames cliniques ou celles issues de recherches non publiées, vérifiez les conditions de traitement et de conservation du service avant le téléversement ; pour les fichiers de lames entières volumineux, la méthode sur poste de travail est généralement plus pratique.

Qualité, compatibilité et limitations

• La conversion ne peut pas récupérer les détails perdus lorsque le scanner a enregistré la source avec une compression JPEG. La sélection de LZW préserve les pixels fournis par le lecteur NDPI, mais ne restaure pas les informations supprimées.
• Bio-Formats transfère les métadonnées qu’il peut interpréter, notamment de nombreuses dimensions et tailles de pixels physiques, mais les champs propriétaires du scanner, les annotations, les données de codes-barres et les régions propres aux applications peuvent ne pas être entièrement mappés vers OME-XML.
• Vérifiez la sortie dans une visionneuse de lames entières telle que QuPath ou Fiji avec Bio-Formats. Confirmez que l’aperçu, la vue en pleine résolution, l’orientation, les dimensions en pixels et l’échelle physique sont corrects.
• Un OME-TIFF simple sans pyramide peut s’ouvrir dans les logiciels de microscopie, mais fonctionner difficilement dans les visionneuses de lames entières. Si la navigation est lente ou si l’application signale des niveaux de résolution manquants, générez à nouveau un fichier pyramidal carrelé.
• Conservez le NDPI d’origine comme source d’archivage. L’OME-TIFF est une copie destinée à l’interopérabilité et peut omettre des métadonnées spécifiques au scanner ou des séries NDPI supplémentaires.