Convertisseur en ligne gratuit de NDPI en JPG

Qu’est-ce que le format NDPI ?

NDPI est un format propriétaire d’image sur lame entière créé principalement par les scanners Hamamatsu NanoZoomer. Il peut contenir des images microscopiques extrêmement volumineuses et multirésolution utilisées en anatomopathologie numérique, pour la recherche et l’archivage de lames.

Vous pouvez rencontrer des fichiers NDPI dans le logiciel Hamamatsu NDP.view2, QuPath, Fiji/ImageJ avec Bio-Formats, ainsi que dans des applications basées sur la bibliothèque OpenSlide. Un fichier NDPI peut faire plusieurs gigaoctets et inclure plusieurs niveaux de résolution ; il n’est donc pas équivalent à une photographie ordinaire à couche unique.

Qu’est-ce que le format JPG ?

JPG, également appelé JPEG, est un format d’image matricielle largement pris en charge utilisant une compression avec perte. Il convient aux aperçus de lames, aux rapports, aux présentations, aux sites web, aux pièces jointes d’e-mails et à l’édition générale d’images.

Les fichiers JPG sont normalement beaucoup plus petits que les fichiers NDPI et s’ouvrent sans logiciel spécialisé de microscopie. Le format ne préserve pas la pyramide NDPI, les métadonnées propres au scanner, les annotations, les multiples plans focaux ni les données d’image diagnostiques.

Comment convertir réellement un fichier NDPI en JPG

Utiliser le convertisseur en ligne

Vous pouvez convertir le fichier sur 101convert.com gratuitement et sans installer de logiciel. Téléversez le fichier .ndpi, choisissez JPG comme format de sortie, lancez la conversion, puis téléchargez l’image obtenue. Pour les lames très volumineuses, utilisez une méthode de bureau ou exportez une région plus petite, car un JPG en pleine résolution peut dépasser les limites de mémoire ou de taille de fichier.

Exporter un aperçu de lame avec OpenSlide et Python

OpenSlide est conçu pour lire les formats de lames entières, y compris de nombreux fichiers NDPI. Installez la bibliothèque système OpenSlide pour votre système d’exploitation, puis installez les liaisons Python et Pillow :

pip install openslide-python pillow

Enregistrez ceci sous ndpi_to_jpg.py et remplacez le nom du fichier d’entrée :

import openslide

slide = openslide.OpenSlide("sample.ndpi")
image = slide.get_thumbnail((6000, 6000)).convert("RGB")
image.save("sample.jpg", "JPEG", quality=90, optimize=True)

Exécutez-le avec :

python ndpi_to_jpg.py

get_thumbnail() crée un aperçu de la lame entière limité à 6000 sur 6000 pixels. Augmentez ces dimensions pour obtenir davantage de détails, mais vérifiez la mémoire disponible avant d’exporter des images très volumineuses.

Exporter une région sélectionnée en haute résolution

Pour une zone de tissu qui doit conserver davantage de détails, lisez une région à un niveau de la pyramide choisi au lieu de convertir la lame entière :

import openslide

slide = openslide.OpenSlide("sample.ndpi")
region = slide.read_region((10000, 15000), 0, (4000, 3000)).convert("RGB")
region.save("region.jpg", "JPEG", quality=95)

Les coordonnées sont mesurées à partir du coin supérieur gauche au niveau 0, qui correspond généralement à la résolution disponible la plus élevée. Modifiez l’emplacement et les dimensions pour les adapter à la zone de tissu requise. Les coordonnées du niveau 0 et les niveaux disponibles peuvent être inspectés avec slide.level_dimensions.

Utiliser QuPath ou Fiji

QuPath peut ouvrir les fichiers NDPI pris en charge via OpenSlide. Ouvrez la lame, sélectionnez la vue ou la région requise, puis utilisez File → Export images pour exporter un JPG. Dans Fiji/ImageJ, ouvrez le fichier via File → Open Samples ou l’importateur Bio-Formats, puis utilisez File → Save As → JPEG. Les noms des menus peuvent varier selon la version de l’application et les plugins installés.

Qualité, compatibilité et limitations

L’exportation en JPG est effectuée avec perte. Utilisez une valeur de qualité d’environ 90–95 pour un usage général et évitez d’ouvrir puis de réenregistrer plusieurs fois le même JPG. Le PNG ou le TIFF est préférable lorsqu’une analyse au niveau du pixel, des annotations ou une conservation sans perte sont nécessaires.

Un JPG de lame entière peut malgré tout être trop volumineux pour certaines visionneuses, même après compression. L’exportation d’une miniature ou d’une région est généralement plus compatible que l’aplatissement de la lame entière en une seule image à résolution maximale.

N’utilisez pas un JPG comme remplacement d’archivage ou de diagnostic de la source NDPI. Il élimine la structure multirésolution et peut introduire des artefacts de compression qui affectent les détails cellulaires fins. Conservez le fichier NDPI original et considérez le JPG comme une copie destinée à la présentation ou au partage.