Convertisseur en ligne gratuit de IMS en OME.TIFF

Les logiciels de microscopie et les plateformes d’analyse d’images peuvent nécessiter OME-TIFF au lieu du conteneur IMS natif pour assurer l’interopérabilité, l’archivage ou le traitement ultérieur dans Fiji et d’autres outils compatibles avec OME. La conversion préserve les plans d’image et les métadonnées prises en charge, tout en facilitant l’échange du jeu de données.

Qu’est-ce que le format IMS ?

IMS est le format natif de jeu de données de microscopie multidimensionnel utilisé par Imaris de Bitplane, qui fait désormais partie d’Oxford Instruments. Il s’agit généralement d’un conteneur basé sur HDF5 pour les plans d’image, les canaux, les piles Z, les points temporels, les différents niveaux de résolution et certaines métadonnées d’acquisition.

Les fichiers IMS sont créés par Imaris et peuvent être produits par des flux de travail d’acquisition ou d’analyse en microscopie impliquant des systèmes d’imagerie confocale, light-sheet, en fluorescence et d’autres systèmes d’imagerie 3D. Un fichier IMS peut également contenir des objets spécifiques à Imaris, tels que des surfaces, des spots, des tracks et des informations de scène ou de rendu.

Qu’est-ce que le format OME.TIFF ?

OME-TIFF est un format de microscopie basé sur TIFF, dont les métadonnées OME-XML décrivent des dimensions telles que le canal, Z, le temps, la taille des pixels et les unités physiques. Fiji/ImageJ, Bio-Formats, napari, OMERO et de nombreuses applications scientifiques d’analyse d’images peuvent le lire.

OME-TIFF est utile lorsqu’un jeu de données doit être transféré entre des programmes de microscopie sans dépendre d’Imaris. Il prend en charge les données multidimensionnelles, la compression sans perte telle que LZW, le stockage par tuiles et BigTIFF pour les fichiers dépassant la limite de taille du format TIFF classique.

Comment convertir IMS en OME.TIFF

Utilisation de Bio-Formats depuis la ligne de commande

1. Installez les outils de ligne de commande Bio-Formats ou utilisez l’installation de Bio-Formats fournie avec Fiji.
2. Exécutez bfconvert -compression LZW input.ims output.ome.tiff. LZW conserve les valeurs des pixels inchangées tout en réduisant la taille du fichier.
3. Pour un jeu de données très volumineux, utilisez BigTIFF et le stockage par tuiles : bfconvert -bigtiff -tilex 512 -tiley 512 -compression LZW input.ims output.ome.tiff.
4. Si l’IMS contient plusieurs séries d’images, examinez d’abord les séries disponibles et exportez celle requise avec une option de série telle que bfconvert -series 0 input.ims output.ome.tiff. Exportez les séries supplémentaires séparément lorsqu’un seul fichier de sortie ne permettrait pas de les représenter correctement.

Utilisation de Fiji

1. Ouvrez Fiji et choisissez File → Open, puis sélectionnez le fichier IMS. Bio-Formats devrait l’ouvrir via le Bio-Formats Importer.
2. Vérifiez les paramètres de série, de canal, de Z et de point temporel dans l’importateur. Évitez de sélectionner un seul plan si la pile complète est requise.
3. Utilisez Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Exporter, choisissez OME-TIFF, sélectionnez LZW ou une autre option sans perte, puis enregistrez le résultat avec un nom de fichier .ome.tiff.
4. Rouvrez le fichier de sortie avec Bio-Formats et vérifiez ses dimensions, l’ordre des canaux, le type de pixel et l’échelle physique.

Utilisation du convertisseur en ligne

Vous pouvez convertir gratuitement le fichier sur 101convert.com sans installer de logiciel. Le téléversement ne convient pas aux données de microscopie confidentielles ou réglementées, sauf si les exigences applicables en matière de confidentialité et de conservation l’autorisent ; pour les jeux de données volumineux, Bio-Formats est généralement plus pratique.

Qualité, compatibilité et limitations

Bio-Formats transfère les pixels d’image et les métadonnées qui disposent d’équivalents OME-TIFF, mais ne reproduit pas les dispositions de scène Imaris, les paramètres de rendu volumique, les surfaces, les spots, les tracks, les annotations ni les autres objets d’analyse en tant que fonctionnalités OME-TIFF natives. Conservez le fichier IMS original lorsque ces objets pourraient être nécessaires ultérieurement.

Utilisez une sortie LZW ou non compressée pour l’imagerie quantitative. La compression JPEG peut modifier les valeurs d’intensité et ne convient pas aux mesures. Les jeux de données 3D volumineux en accéléré ou haute résolution peuvent nécessiter BigTIFF, et certaines applications ne peuvent pas lire BigTIFF ou toutes les dispositions OME-TIFF multidimensionnelles.

Vérifiez dans le fichier converti les noms des canaux, leur ordre, l’espacement Z, l’intervalle temporel, les dimensions des pixels, la profondeur de bits et les unités physiques. Les variantes IMS propriétaires ou endommagées peuvent échouer dans les anciennes versions de Bio-Formats ; la mise à jour de Bio-Formats ou de Fiji peut résoudre les problèmes de compatibilité du lecteur.