Convertisseur en ligne gratuit de PDB en TXT

Un programme, un éditeur ou un flux de travail d’archivage peut nécessiter un fichier .txt lisible au lieu d’un fichier .pdb. La méthode de conversion appropriée dépend du fait que le PDB contienne des enregistrements moléculaires, des enregistrements de base de données Palm OS ou un livre électronique.

Qu’est-ce que le format PDB ?

.pdb est une extension ambiguë utilisée par plusieurs formats sans rapport entre eux :

• Les fichiers Protein Data Bank sont des fichiers texte contenant des coordonnées atomiques, des résidus, des modèles et d’autres enregistrements moléculaires. Les chercheurs, les applications de visualisation moléculaire, les programmes de chimie et les logiciels de dynamique moléculaire les utilisent.
• Les fichiers Palm Database contiennent des enregistrements et des métadonnées pour les applications Palm OS. Ils sont généralement binaires et peuvent utiliser des structures ou une compression propres aux applications.
• Les variantes PDB de livres électroniques, telles que PalmDOC et zTXT, stockent le contenu des livres dans des formats conçus pour les anciens lecteurs Palm. Leurs structures internes diffèrent à la fois des fichiers PDB scientifiques et des bases de données Palm ordinaires.

Identifiez la source avant la conversion. Renommer file.pdb en file.txt ne modifie que l’extension ; cela ne décode pas les enregistrements binaires, ne décompresse pas le contenu et ne corrige pas l’encodage des caractères.

Qu’est-ce que le format TXT ?

.txt est un format de texte brut sans conteneur, qui stocke des caractères et des sauts de ligne sans mise en forme propre à une application. Il s’ouvre dans Notepad, les éditeurs de code, les scripts, les tableurs et les outils de contrôle de version.

TXT peut contenir le texte original d’un fichier PDB moléculaire, le texte extrait d’un livre électronique ou une table d’enregistrements nouvellement générée. Il ne conserve pas intrinsèquement les liaisons moléculaires, les index fixes de base de données, les images, les hyperliens, les signets, la compression, les métadonnées ou la mise en forme du document. Exportez au format UTF-8 lorsque la source contient des caractères non ASCII, mais utilisez les informations d’encodage de l’application source lors de la conversion de données Palm héritées.

Comment convertir un fichier PDB scientifique

La plupart des fichiers Protein Data Bank sont déjà en texte brut. Si vous avez besoin d’une copie texte identique, dupliquez le fichier et modifiez l’extension :

cp structure.pdb structure.txt

Dans Windows Command Prompt, utilisez :

copy structure.pdb structure.txt

Cela conserve les octets d’origine, mais il s’agit techniquement d’une copie de fichier et non d’un export structurel. Vous pouvez également ouvrir le fichier dans un éditeur de code et utiliser File → Save As ; évitez les traitements de texte, car la redistribution des lignes peut endommager les colonnes à largeur fixe utilisées par les enregistrements PDB.

Pour un export reformaté :

1. Ouvrez le fichier dans PyMOL, UCSF ChimeraX, VMD ou une autre application moléculaire.
2. Choisissez la commande File → Export ou Save As du programme.
3. Choisissez un export PDB textuel lorsque la destination attend des enregistrements PDB standard, ou exportez une table d’atomes délimitée lorsqu’elle attend des colonnes.
4. Enregistrez au format .txt et vérifiez que les noms des atomes, les noms des résidus, les coordonnées et les enregistrements de modèles sont restés intacts.

Une table peut également être générée avec Biopython, mais il ne s’agit pas d’une copie fidèle du PDB :

from Bio.PDB import PDBParser

structure = PDBParser(QUIET=True).get_structure("model", "structure.pdb")
with open("atoms.txt", "w", encoding="utf-8") as output:
    for atom in structure.get_atoms():
        residue = atom.get_parent()
        x, y, z = atom.get_coord()
        output.write(f"{residue.get_resname()}\t{atom.get_name()}\t{x:.3f}\t{y:.3f}\t{z:.3f}\n")

Installez la dépendance avec pip install biopython. Le fichier séparé par des tabulations qui en résulte contient certaines données atomiques et omet les autres enregistrements PDB, sauf si le script les écrit explicitement.

Comment convertir un fichier PDB Palm ou de livre électronique

Pour les fichiers PalmDOC et les livres électroniques compatibles, utilisez une application prenant en charge le sous-type spécifique. Calibre peut importer de nombreux fichiers de livres électroniques Palm hérités : ajoutez le livre, choisissez Convert books, sélectionnez TXT comme format de sortie et vérifiez le résultat pour détecter les chapitres manquants, les sauts de page et les erreurs de caractères. La prise en charge n’est pas universelle, car PDB désigne uniquement une famille de conteneurs et non une spécification unique de livre électronique.

Pour une base de données d’application Palm, exportez depuis l’application Palm d’origine ou un utilitaire de synchronisation compatible. Utilisez Export, Save As ou un format délimité tel que CSV lorsqu’il est disponible, puis enregistrez le texte exporté au format .txt. Un éditeur de texte ou une commande générique de copie de fichier ne peut normalement pas décoder les enregistrements d’une base de données binaire.

Vous pouvez également convertir gratuitement un fichier PDB pris en charge sur 101convert.com, sans installer de logiciel. Confirmez le sous-type PDB détecté avant la conversion et évitez de téléverser des enregistrements confidentiels, des données personnelles ou des travaux de recherche non publiés.

Limites de qualité et de compatibilité

Les fichiers PDB scientifiques utilisent des positions de colonne définies. La redistribution des lignes, les modifications automatiques des espaces ou la modification dans un tableur peuvent donc endommager les coordonnées et l’alignement des enregistrements. Conservez le fichier .pdb d’origine et considérez le fichier TXT comme une copie de travail.

Les conversions Palm et de livres électroniques peuvent supprimer la compression, les images, les hyperliens, les signets, les identifiants d’enregistrements, les métadonnées de base de données et les champs propriétaires. Des caractères de remplacement tels que � indiquent un problème d’encodage ; exporter à nouveau en UTF-8 n’est utile que lorsque l’application source décode correctement les octets d’origine. Modifier l’extension ne peut pas récupérer un texte qui a déjà été mal décodé.