Convertisseur en ligne gratuit de NBIB en CSV

PubMed et d’autres services NCBI exportent les notices bibliographiques au format NBIB, tandis que les feuilles de calcul, les bases de données et les outils d’analyse nécessitent généralement le format CSV. La conversion du fichier facilite le tri, le filtrage, la modification et l’importation des citations sans copier manuellement les champs.

Qu’est-ce que le format NBIB ?

NBIB est un format bibliographique en texte brut basé sur les notices MEDLINE balisées. Les utilisateurs de PubMed ainsi que les chercheurs en médecine, en sciences de la vie et dans d’autres domaines universitaires l’utilisent pour échanger des références avec des logiciels de gestion des citations. Une notice contient des balises telles que PMID- pour l’identifiant PubMed, TI - pour le titre, AU - pour un auteur, DP - pour la date de publication et AB - pour le résumé.

PubMed crée des fichiers .nbib via Send to → Citation manager. Le format prend en charge les balises répétées et les lignes de continuation, de sorte qu’une citation peut contenir plusieurs auteurs, des termes MeSH, des identifiants d’article et plusieurs lignes de texte de résumé. Un éditeur de texte peut afficher un fichier NBIB, mais sa structure balisée et multiligne n’est pas adaptée à la modification sous forme de tableau.

Qu’est-ce que le format CSV ?

CSV est un format texte délimité dans lequel chaque ligne représente une notice et chaque colonne représente un champ. Un fichier CSV de citations peut comporter des colonnes pour le PMID, le titre, les auteurs, le journal, la date de publication, le résumé, le DOI et le type de publication.

CSV est pris en charge par Microsoft Excel, LibreOffice Calc, Google Sheets, les bases de données et les bibliothèques de programmation. Il est utile pour le filtrage, la déduplication, la création de rapports et l’importation de citations dans des systèmes qui ne lisent pas le format NBIB. CSV ne suit pas de schéma fixe : le convertisseur doit déterminer quelles balises NBIB deviennent des colonnes, et les tableurs peuvent utiliser un point-virgule comme délimiteur dans certains paramètres régionaux.

Convertir NBIB en CSV en ligne

Vous pouvez convertir le fichier gratuitement sur 101convert.com sans installer de logiciel. Téléversez le fichier .nbib, choisissez CSV comme format de sortie, démarrez la conversion, puis téléchargez le fichier .csv obtenu. Ouvrez le résultat et vérifiez les noms des colonnes ainsi que plusieurs notices avant de l’utiliser pour une analyse.

Ne téléversez pas de données bibliographiques non publiées ou confidentielles vers un service en ligne, sauf si ses politiques de traitement et de suppression vous conviennent. Pour un traitement privé ou reproductible, utilisez plutôt un script local.

Convertir NBIB en CSV avec Python

Biopython peut analyser les balises NBIB/MEDLINE, tandis que le module standard csv de Python gère correctement les virgules, les guillemets et les sauts de ligne.

1. Installez Biopython avec python -m pip install biopython.
2. Enregistrez le code suivant sous le nom nbib_to_csv.py.
3. Exécutez python nbib_to_csv.py input.nbib output.csv.

import csv
import sys
from Bio import Medline

fields = [
    ("PMID", "PMID"),
    ("Title", "TI"),
    ("Authors", "AU"),
    ("Journal", "JT"),
    ("Publication date", "DP"),
    ("Abstract", "AB"),
    ("DOI", "LID"),
    ("Article ID", "AID"),
    ("Publication types", "PT"),
    ("MeSH terms", "MH"),
]

def value(record, tag):
    item = record.get(tag, "")
    if isinstance(item, list):
        return "; ".join(str(x) for x in item)
    return str(item)

with open(sys.argv[1], encoding="utf-8") as source, open(
    sys.argv[2], "w", newline="", encoding="utf-8-sig"
) as target:
    writer = csv.writer(target)
    writer.writerow([name for name, tag in fields])
    for record in Medline.parse(source):
        writer.writerow([value(record, tag) for name, tag in fields])

L’encodage utf-8-sig aide les anciennes versions d’Excel à reconnaître les caractères non ASCII. Ajoutez des champs tels que TA pour l’abréviation du journal, FAU pour les noms complets des auteurs ou PMC pour un identifiant de dépôt lorsque ces balises existent dans la source.

Contrôles de qualité et de compatibilité

Les notices NBIB ne contiennent pas toutes les mêmes balises. Les balises manquantes deviennent des cellules CSV vides, et les balises répétées doivent être combinées plutôt que limitées à leur première valeur. Le script joint les auteurs, les termes MeSH et les identifiants répétés avec des points-virgules ; les guillemets CSV préservent les virgules, les guillemets et les sauts de ligne présents dans les résumés et les titres.

Un DOI peut être stocké dans LID avec un suffixe tel que [doi] ; supprimez ce suffixe uniquement si le système de destination exige un DOI seul. Vérifiez le PMID, le DOI, l’auteur, la date, le résumé et le nombre de lignes après la conversion. CSV ne préserve pas intrinsèquement les balises NBIB, l’ordre des champs, la structure des champs répétés ni les distinctions entre les différents types d’identifiants, sauf si l’export définit des colonnes séparées pour ceux-ci.