Convertir NBIB en BIB

PubMed exporte les références sélectionnées au format .nbib, tandis que LaTeX, Overleaf et de nombreux gestionnaires de références utilisent des bases de données BibTeX au format .bib. La conversion rend les notices modifiables et utilisables avec les flux de citation BibTeX ou biblatex.

Qu'est-ce que le format NBIB ?

NBIB est le format de citation balisé de PubMed, également appelé format texte MEDLINE ou PubMed. Il s'agit d'un format de notice en texte brut comportant des champs étiquetés tels que PMID-, TI -, AU -, JT -, DP -, VI -, IP -, PG - et LID - pour les identifiants tels que les DOI.

PubMed crée un fichier NBIB après la sélection des notices et le choix de Send to → Citation manager → Create file. Les utilisateurs de NCBI, les bibliothèques et les applications telles que Zotero et EndNote utilisent ce format pour échanger des métadonnées bibliographiques. Un fichier NBIB peut être ouvert comme du texte brut, mais ses lignes balisées ne sont pas directement valides en BibTeX.

Qu'est-ce que le format BIB ?

Un fichier .bib est généralement une base de données BibTeX ou BibLaTeX contenant des entrées telles que @article{smith2024, ...}. BibTeX, BibLaTeX avec Biber, JabRef, Zotero, Overleaf et de nombreux éditeurs LaTeX peuvent le lire.

BibTeX stocke des champs structurés, notamment les auteurs, le titre, la revue, l'année, le volume, les pages, le DOI, l'URL, le résumé et une clé de citation. Le format en texte brut est interrogeable, modifiable, portable et séparé du document qui le cite. La conversion peut préserver les métadonnées, mais elle ne peut pas ajouter l'article en texte intégral ni une pièce jointe manquante.

Convertir avec Zotero

1. Installez Zotero pour Windows, macOS ou Linux depuis le site officiel de Zotero.
2. Ouvrez File → Import, sélectionnez le fichier NBIB et choisissez l'option d'importation MEDLINE ou PubMed si Zotero vous demande un format. Utilisez All files dans le sélecteur de fichiers si .nbib est masqué.
3. Vérifiez les notices importées, en particulier les noms des auteurs, les titres, les dates de publication, les plages de pages, les PMID et les DOI.
4. Sélectionnez les éléments ou la collection requis, puis choisissez File → Export Library ou faites un clic droit sur la sélection et choisissez Export Items.
5. Choisissez BibTeX ou BibLaTeX, sélectionnez les options de notes ou de fichiers requises par le flux de travail, puis enregistrez l'export avec une extension .bib.

Zotero est généralement la méthode locale la plus simple, car il analyse les champs PubMed balisés avant de les exporter. Pour les métadonnées manquantes, utilisez Add Item by Identifier de Zotero avec le PMID ou le DOI, puis comparez la notice de remplacement avec la source PubMed avant l'exportation. L'extension Better BibTeX ajoute des clés de citation configurables et reproductibles ainsi qu'une exportation automatique, mais elle est facultative.

Utiliser Bibutils pour une conversion par lots

Bibutils convient aux conversions locales automatisées ou à grande échelle. Ses étapes MEDLINE-vers-XML et XML-vers-BibTeX peuvent être utilisées sous forme de pipeline :

med2xml references.nbib | xml2bib > references.bib

Installez Bibutils à l'aide du gestionnaire de paquets du système d'exploitation ou de sa distribution officielle. Consultez med2xml --help si la version installée nécessite des arguments d'entrée et de sortie explicites. Bibutils peut convertir moins de champs spécifiques à PubMed que Zotero ; examinez donc les entrées générées avant de les utiliser.

Options en ligne pour les petits ensembles non sensibles

Pour une petite liste de références, ZoteroBib ou l'outil web PMID-to-BibTeX de Paperpile peuvent rechercher les PMID et produire du BibTeX sans nécessiter d'application locale. Ces services acceptent généralement des PMID ou des identifiants plutôt que de convertir un fichier NBIB téléversé ; collez les identifiants, exportez le BibTeX et vérifiez les résultats. Ne téléversez pas de bibliographies privées, inédites ou confidentielles lorsqu'une conversion locale est possible.

Vérifier les notices exportées

• Certaines notices NBIB omettent le DOI, le numéro, la page, le résumé ou les champs complets de date de publication. Une recherche par DOI ou PMID peut combler les lacunes, mais les métadonnées récupérées doivent tout de même être comparées à la notice source.
• Le formatage des auteurs de PubMed peut produire des auteurs individuels ou institutionnels incorrects après la conversion. Placez un auteur institutionnel entre accolades supplémentaires, par exemple author = {{World Health Organization}}, et vérifiez le nom, les initiales et l'ordre des auteurs.
• Protégez la casse qui doit rester inchangée, comme les symboles de gènes, les acronymes et les noms propres, avec des accolades BibTeX : title = {Effects of {DNA} repair}.
• Les caractères Unicode, les tirets demi-cadratins, les sous-titres, les noms accentués et les écritures non latines peuvent nécessiter la prise en charge d'UTF-8 dans le moteur LaTeX, le processeur bibliographique et l'éditeur. Utilisez pdflatex avec les paramètres d'encodage appropriés ou un moteur Unicode tel que XeLaTeX ou LuaLaTeX.
• Les différents exportateurs génèrent des clés de citation différentes. Modifier une clé après avoir inséré des citations peut rompre les références dans les fichiers LaTeX existants ; utilisez des clés stables avant d'insérer les citations.
• Conservez si possible le PMID ou le DOI dans l'entrée exportée. Ces identifiants constituent un moyen fiable de retrouver et de corriger une notice ultérieurement.