Convertir NBIB en PDF

Un gestionnaire de citations, un système de soumission ou un destinataire peut exiger un PDF imprimable au lieu d’une exportation .nbib. La conversion produit une bibliographie mise en forme ; elle ne télécharge pas les articles en texte intégral identifiés par les notices.

Qu’est-ce que le format NBIB ?

NBIB est un format bibliographique en texte brut balisé utilisé par PubMed et les services associés de la National Library of Medicine. Une notice peut contenir les auteurs, les titres, les données de la revue, les dates de publication, les résumés, les DOI, les identifiants PubMed et d’autres champs de catalogue. PubMed crée le fichier lorsque vous sélectionnez des notices et choisissez Cite → Download .nbib.

Les fichiers NBIB sont généralement encodés en UTF-8 plutôt que limités à l’ASCII. Ils sont destinés au transfert de métadonnées de citations vers des gestionnaires de références tels que Zotero et EndNote, et non au stockage de pages d’articles, de figures, de mises en page d’éditeurs ou de fichiers PDF intégrés en texte intégral.

Qu’est-ce que le format PDF ?

PDF est un format de document à mise en page fixe qui peut préserver la pagination, les polices, les marges, les tableaux et les retours à la ligne sur différents systèmes d’exploitation. Il convient à l’impression, à la soumission, au partage et à l’archivage d’une bibliographie finalisée, mais il est moins pratique que NBIB pour corriger des notices ou appliquer un autre style de citation.

Un PDF généré à partir d’un fichier NBIB contient uniquement les informations bibliographiques importées, à moins que vous n’obteniez et n’ajoutiez séparément les publications citées. Un DOI ou un identifiant PubMed est un lien ou un identifiant, et non le contenu de l’article.

Convertir avec Zotero

1. Installez et ouvrez Zotero, puis choisissez File → Import.
2. Sélectionnez l’option permettant d’importer un fichier et ouvrez votre fichier citations.nbib. Zotero devrait identifier les notices PubMed et les ajouter à la bibliothèque.
3. Sélectionnez les éléments importés, ouvrez le menu contextuel et choisissez Create Bibliography from Items.
4. Choisissez le style requis, par exemple Vancouver, AMA ou APA, puis copiez la bibliographie mise en forme ou enregistrez-la à l’aide de l’option de sortie disponible.
5. Collez le résultat dans Microsoft Word, LibreOffice Writer ou Google Docs. Définissez le format de page, les marges, la police et l’espacement, puis choisissez File → Export → PDF dans Word ou LibreOffice, ou File → Download → PDF dans Google Docs.

Ce flux de travail est préférable lorsque vous devez supprimer les doublons, modifier les styles de citation, corriger la bibliographie ou conserver un document source modifiable avant l’exportation.

Convertir avec EndNote

1. Ouvrez EndNote et choisissez File → Import → File.
2. Sélectionnez le fichier NBIB. Si EndNote ne détecte pas le format, choisissez le filtre d’importation PubMed (NLM), ou le filtre NLM équivalent disponible dans votre installation.
3. Vérifiez et sélectionnez les références importées, puis générez une bibliographie mise en forme à l’aide du style de sortie requis. Exportez le document obtenu ou ouvrez-le dans Word ou un autre traitement de texte.
4. Utilisez la commande File → Save As ou File → Export du traitement de texte pour créer le PDF.

Les noms des menus d’EndNote varient selon la version ; la commande exacte de sortie de la bibliographie peut donc différer. Les étapes essentielles consistent à importer le fichier avec le filtre PubMed/NLM, à sélectionner un style de sortie et à exporter le résultat mis en forme depuis une application de traitement de documents.

Utiliser PubMed et un navigateur

Pour un petit nombre de citations, aucun gestionnaire de références local n’est nécessaire. Dans PubMed, sélectionnez les notices, choisissez Cite, sélectionnez le style de citation requis, copiez les références mises en forme, collez-les dans un document, puis exportez-le ou imprimez-le au format PDF. Vous pouvez également utiliser la commande Print → Save as PDF du navigateur après avoir affiché les citations mises en forme.

Il s’agit de l’option en ligne la plus sûre, car les notices restent dans PubMed au lieu d’être téléversées vers un service de conversion inconnu. Elle offre moins de contrôle sur la déduplication, la correction des champs et la gestion de la bibliographie que Zotero ou EndNote.

Points à prendre en compte concernant les convertisseurs en ligne

Il n’existe pas de norme largement acceptée pour le rendu PDF des fichiers NBIB, et les convertisseurs génériques avec téléversement traitent souvent le fichier comme du texte non structuré, produisant un PDF contenant les balises brutes plutôt qu’une bibliographie correctement mise en forme. Ne faites pas confiance à un service, sauf s’il prend explicitement en charge l’analyse PubMed/NBIB, affiche le style de citation sélectionné et indique la manière dont les fichiers téléversés sont traités.

Pour les références non publiées, les métadonnées liées aux patients ou les notices sous licence, utilisez plutôt Zotero, EndNote, PubMed ou une application bureautique locale au lieu de téléverser le fichier. Ouvrir un fichier NBIB dans Notepad et l’imprimer au format PDF est techniquement possible, mais le résultat contient normalement des balises telles que AU, TI et DP, et non des citations prêtes à être lues.

Contrôles de qualité et de compatibilité

• Vérifiez l’ordre des auteurs, les noms, les abréviations des revues, les dates, les numéros de volume et de numéro, les plages de pages, les valeurs DOI et les caractères non ASCII. Les métadonnées PubMed peuvent être incomplètes ou incohérentes.
• Utilisez le style de citation exigé par la revue, l’établissement ou le destinataire. Vancouver et AMA sont courants dans les publications médicales ; APA est courant dans de nombreuses sciences sociales.
• Supprimez les notices en double avant de créer la bibliographie. Des exportations PubMed répétées peuvent importer plusieurs fois la même citation.
• Si le PDF doit contenir les articles eux-mêmes, obtenez le texte intégral légalement disponible auprès de PubMed Central, de l’éditeur ou d’un abonnement institutionnel, puis joignez ou fusionnez ces fichiers PDF séparément.
• Conservez le fichier .nbib d’origine et la bibliothèque du gestionnaire de références. Ils permettent d’effectuer ultérieurement des corrections, une déduplication et une nouvelle mise en forme, ce qu’un PDF finalisé ne permet pas.