Convertisseur en ligne gratuit de SVS en OME.TIFF

Les fichiers SVS provenant de scanners de lames entières Aperio peuvent ne pas s’ouvrir dans les logiciels qui attendent le modèle de données OME. Leur conversion en OME-TIFF facilite le traitement de la lame dans Fiji, QuPath, OMERO et d’autres systèmes de microscopie, tout en conservant les données d’image tuilées et multirésolution lorsque cette fonction est prise en charge.

Qu’est-ce que le format SVS ?

SVS est la variante Aperio du format TIFF tuilé et pyramidal utilisée pour les lames de pathologie numérique. Les scanners Aperio et Leica Biosystems créent des fichiers SVS contenant une image haute résolution des tissus ainsi que des niveaux pyramidaux à résolution réduite ; un fichier peut également contenir une étiquette, une image macro, une miniature ou d’autres images associées sous forme de séries TIFF distinctes.

Vous rencontrez généralement des fichiers SVS provenant de systèmes Aperio ScanScope, de scanners Leica eSlide, d’Aperio ImageScope et de systèmes d’archivage en pathologie. Bien que SVS soit basé sur TIFF, ses métadonnées propres au fournisseur et l’organisation de ses images ne sont pas prises en charge de manière uniforme par les applications TIFF polyvalentes.

Qu’est-ce que le format OME-TIFF ?

OME-TIFF stocke les données d’image TIFF avec des métadonnées OME-XML décrivant les dimensions, les canaux, les tailles physiques des pixels, les plans et les informations associées à l’image. Il est conçu pour assurer l’interopérabilité avec les applications compatibles avec Bio-Formats, telles que Fiji, QuPath, OMERO et de nombreux pipelines d’analyse en microscopie.

Pour l’imagerie de lames entières, un fichier OME-TIFF peut contenir des niveaux pyramidaux tuilés, ce qui permet au logiciel d’afficher une grande lame sans charger le plan en pleine résolution dans la mémoire. OME-TIFF est utile lorsqu’une application de pathologie ou de microscopie reconnaît les métadonnées OME, mais n’interprète pas correctement les métadonnées SVS propres à Aperio.

Comment convertir SVS en OME-TIFF

Utilisation des outils en ligne de commande Bio-Formats

bfconvert de Bio-Formats est l’option polyvalente la plus directe, car il lit SVS via le lecteur Bio-Formats et écrit des fichiers OME-TIFF. Installez le package d’outils Bio-Formats, puis exécutez :

bfconvert -overwrite -compression LZW input.svs output.ome.tiff

Remplacez input.svs par le nom du fichier source et output.ome.tiff par le nom du fichier de destination. LZW est sans perte et évite d’ajouter des artefacts JPEG. Pour obtenir une sortie tuilée multirésolution, utilisez les options pyramidales prises en charge par la version de Bio-Formats installée :

bfconvert -overwrite -compression LZW -tilex 256 -tiley 256 -pyramid-resolutions 5 -pyramid-scale 2 input.svs output.ome.tiff

-tilex et -tiley définissent les dimensions des tuiles. -pyramid-resolutions 5 demande cinq niveaux de résolution, et -pyramid-scale 2 fait en sorte que chaque niveau ait une largeur et une hauteur correspondant à la moitié de celles du niveau précédent. Exécutez bfconvert -help pour confirmer les noms des options, car ils diffèrent selon les versions de Bio-Formats.

Utilisation de Fiji

Dans Fiji, installez ou mettez à jour Bio-Formats, ouvrez le fichier via File → Open, sélectionnez le fichier SVS et autorisez le Bio-Formats Importer à ouvrir la série. Pour les lames très volumineuses, choisissez la série souhaitée en pleine résolution plutôt que la série d’étiquette ou la série macro. Exportez à l’aide de la commande d’exportation Bio-Formats ou TIFF disponible dans votre installation de Fiji, sélectionnez OME-TIFF si cette option est proposée et activez la sortie tuilée ou pyramidale lorsque l’exportateur fournit ces options.

Fiji peut nécessiter une quantité importante de mémoire lors de l’ouverture ou de l’exportation d’une lame entière. La conversion en ligne de commande avec Bio-Formats est généralement préférable pour les fichiers SVS très volumineux, car elle évite de charger l’image complète dans l’affichage de Fiji.

Conversion sans logiciel installé

Vous pouvez convertir gratuitement le fichier sur 101convert.com sans installer de logiciel. Téléversez le fichier SVS, choisissez OME.TIFF comme format de sortie, démarrez la conversion, puis téléchargez le résultat. N’utilisez pas cette méthode pour les lames contenant des informations permettant d’identifier un patient, sauf si le service et ses conditions de traitement des données répondent aux exigences de votre organisation.

Qualité, compatibilité et limitations

• La conversion ne peut pas restaurer les détails perdus lors de la compression SVS d’origine. Si la source utilise des tuiles compressées en JPEG, l’exportation avec LZW évite une compression avec perte supplémentaire, mais ne rend pas la source sans perte.
• Les métadonnées SVS ne correspondent pas parfaitement à OME-XML. Les champs propres au scanner, les annotations, les informations de mise au point, les images macro et les balises propriétaires peuvent être omis ou représentés différemment.
• Vérifiez que la sortie contient l’image des tissus, les niveaux pyramidaux ainsi que les séries d’étiquettes ou d’images macro requises. Certaines applications sélectionnent automatiquement la première série et peuvent afficher une image associée au lieu de la lame principale.
• Les fichiers OME-TIFF peuvent être très volumineux. Assurez-vous que le système de fichiers de destination prend en charge les fichiers volumineux et dispose de suffisamment d’espace libre pour l’image en pleine résolution ainsi que les niveaux pyramidaux ; BigTIFF peut être requis pour les sorties dépassant la limite de taille du format TIFF classique.
• Vérifiez le résultat dans l’application qui l’utilisera. Contrôlez les dimensions en pixels, la résolution physique, le nombre de canaux, l’orientation de la lame, la navigation dans les niveaux pyramidaux et les annotations requises avant de supprimer l’original SVS.