Convertir SDF en XLS

Les laboratoires ont souvent besoin d’enregistrements de composés au format .xls parce qu’un LIMS existant, un modèle de rapport ou un client n’accepte que les classeurs Excel 97–2003. Le résultat utile est généralement une feuille de calcul contenant les propriétés et les identifiants SDF, et non un remplacement chimiquement modifiable du fichier source.

Contenu possible d’un fichier SDF

.sdf est ambigu. Le plus souvent, il désigne Structure Data File, un format de chimie basé sur le format MDL Molfile utilisé par les chimistes, les fournisseurs de composés, les bases de données de criblage, ChemDraw, les logiciels BIOVIA, les outils ChemAxon, DataWarrior, Open Babel et les workflows RDKit.

Un SDF chimique est un fichier texte brut contenant un ou plusieurs enregistrements de molécules. Chaque enregistrement peut contenir une table de connectivité moléculaire, des coordonnées, un titre et des balises SD nommées telles que CAS_NUMBER, IC50 ou Supplier ; les enregistrements se terminent normalement par $$$$. Les blocs de molécules peuvent utiliser la syntaxe V2000 ou V3000.

Un fichier .sdf peut également être une base de données binaire Microsoft SQL Server Compact. SQL Server Compact n’est pas SQL Server, et son fichier de base de données doit être interrogé et exporté avec un logiciel compatible avec SQL Server Compact plutôt qu’ouvert par des outils de formats chimiques.

Fonctionnalités du format XLS

.xls est le format binaire de classeur Excel 97–2003. Contrairement au CSV, il peut conserver des feuilles de calcul, des formules de base, la mise en forme des cellules et plusieurs tableaux, ce qui est utile lorsqu’un destinataire exige un ancien classeur Excel.

Utilisez XLS uniquement lorsque cela est nécessaire. Il est limité à 65 536 lignes et 256 colonnes par feuille de calcul. .xlsx prend en charge des feuilles de calcul beaucoup plus grandes et constitue le meilleur choix par défaut pour les systèmes actuels compatibles avec Excel.

Conversion d’un fichier SDF chimique

1. Ouvrez le SDF dans une application de bureau prenant en charge la chimie, telle que DataWarrior. Utilisez File → Open, puis vérifiez que l’application reconnaît les enregistrements de molécules et expose les balises SD sous forme de colonnes de données.
2. Vérifiez les noms de champs, les valeurs manquantes, les unités et les valeurs de balises multilignes. Conservez un identifiant de structure et, lorsque le destinataire a besoin de structures lisibles par machine, ajoutez une colonne SMILES ou InChI avant l’exportation.
3. Exportez le tableau au format texte délimité par des tabulations ou CSV à l’aide de File → Save As ou de la commande d’exportation de DataWarrior. Ne comptez pas sur un convertisseur de documents générique pour interpréter les enregistrements moléculaires et les balises SD.
4. Ouvrez le fichier texte dans Microsoft Excel ou LibreOffice Calc. Dans la boîte de dialogue d’importation, sélectionnez le délimiteur correct et définissez explicitement les numéros CAS, les numéros de catalogue, les codes commençant par des zéros et les longs identifiants numériques comme Text.
5. Utilisez File → Save As et sélectionnez Excel 97–2003 (.xls). Vérifiez l’avertissement de compatibilité, les dimensions de la feuille de calcul et un échantillon des valeurs importées avant de distribuer le classeur.

Pour un traitement reproductible, utilisez RDKit ou un autre toolkit de chimie afin d’extraire les balises SD sélectionnées et de générer un CSV avec une colonne SMILES, puis convertissez ce CSV dans Excel ou LibreOffice. Open Babel peut également inspecter et transformer des fichiers SDF, mais validez ses colonnes générées par rapport à la source, car les propriétés et les descripteurs disponibles dépendent du format et des options sélectionnés.

Pour les fichiers CSV non confidentiels et déjà tabulaires, CloudConvert peut être utilisé pour créer un classeur XLS après l’extraction locale du SDF. Il ne doit pas être considéré comme un analyseur SDF prenant en charge la chimie, et les structures propriétaires, les données d’essais et les données de fournisseurs ne doivent pas être téléversées, sauf si l’organisation autorise ce transfert.

Exportation d’une base de données SQL Server Compact SDF

Ouvrez une base de données SDF avec SQL Server Compact Toolbox ou un autre outil utilisant un fournisseur SQL Server Compact compatible. Fournissez le mot de passe de la base de données si le fichier est chiffré, exécutez une requête sur les tables et colonnes requises, puis exportez le résultat au format CSV. Importez ce CSV dans Excel ou LibreOffice Calc et enregistrez-le au format .xls.

SQL Server Compact est un produit Microsoft abandonné ; une application de base de données actuelle peut donc ne pas ouvrir le fichier sans le fournisseur existant approprié. Une base de données SDF ne peut pas être convertie correctement par DataWarrior, RDKit ou Open Babel.

Vérifications de compatibilité

XLS ne stocke pas nativement une table de connectivité SDF modifiable. Conservez le SDF original pour les échanges et l’archivage chimiques ; placez les SMILES, InChI ou le texte molfile dans les cellules de la feuille de calcul uniquement lorsque le logiciel en aval a besoin d’une structure lisible par machine. Les images de structures rendues conviennent pour la vérification, mais ne constituent pas des données chimiques.

Excel peut modifier automatiquement les valeurs ressemblant à des dates ou à une notation scientifique. Les paramètres d’importation de texte évitent des pertes telles que 001234 devenant 1234 ou l’arrondissement des longs identifiants numériques. Vérifiez également les balises SD multilignes et le texte dépassant la limite de 32 767 caractères par cellule d’Excel, ce qui peut nécessiter une troncature, une division ou une conservation dans le SDF original.